Kinerja empat uji amplifikasi asam nukleat untuk mengidentifikasi SARS-CoV-2 di Ethiopia

Terima kasih telah mengunjungi Nature.com. Anda menggunakan versi browser dengan dukungan CSS terbatas. Untuk pengalaman terbaik, kami menyarankan Anda menggunakan browser yang diperbarui (atau menonaktifkan Mode Kompatibilitas di Internet Explorer). Selain itu, untuk memastikan dukungan berkelanjutan, kami menampilkan situs tanpa gaya dan JavaScript.
Menampilkan carousel tiga slide sekaligus. Gunakan tombol Sebelumnya dan Berikutnya untuk berpindah melalui tiga slide sekaligus, atau gunakan tombol penggeser di bagian akhir untuk berpindah melalui tiga slide sekaligus.
Sejak wabah penyakit virus corona (COVID-19) pada tahun 2019, banyak tes amplifikasi asam nukleat komersial (NAAT) telah dikembangkan di seluruh dunia dan menjadi tes standar. Meskipun beberapa tes dengan cepat dikembangkan dan diterapkan pada tes diagnostik laboratorium, kinerja tes ini belum dievaluasi dalam berbagai situasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja pengujian Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, dan Sansure Biotech menggunakan Standar Referensi Komposit (CRS). Penelitian dilakukan di Ethiopian Public Health Institute (EPHI) mulai 1 hingga 30 Desember 2020. 164 sampel nasofaring diekstraksi menggunakan mini kit QIAamp RNA dan sistem preparasi sampel DNA Abbott. Dari 164 spesimen, 59,1% positif dan 40,9% negatif CRS. Positifitas Sansure Biotech secara signifikan rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Positifitas Sansure Biotech secara signifikan rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Sansure Biotech memiliki nilai lebih tinggi dibandingkan dengan CRS (p < 0,05). Hasil positif Sansure Biotech secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05).与CRS 相比,Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比,Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 Sansure Biotech memiliki kemampuan yang lebih besar dibandingkan dengan CRS (p < 0,05). Sansure Biotech memiliki hasil positif yang jauh lebih sedikit dibandingkan dengan CRS (p <0,05).Kesesuaian keseluruhan dari keempat analisis adalah 96,3–100% dibandingkan dengan CRS. Selain tingkat positif yang rendah pada pengujian Sansure Biotech, kinerja keempat pengujian tersebut hampir sebanding. Oleh karena itu, pengujian Sansure Biotech [Research Only (RUO)] memerlukan validasi tambahan untuk penggunaannya di Ethiopia. Akhirnya, penelitian tambahan harus dipertimbangkan untuk mengevaluasi pengujian dengan klaim produsen yang sesuai.
Pengujian laboratorium merupakan bagian dari Rencana Strategis Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) untuk Kesiapsiagaan dan Respons Penyakit Virus Corona 2019 (COVID-19) (SPRP). WHO menyarankan negara-negara perlu membangun kapasitas laboratorium untuk meningkatkan kesiapsiagaan, manajemen kasus yang tepat, kewaspadaan, dan respons cepat terhadap tantangan kesehatan masyarakat. Hal ini menunjukkan bahwa peran laboratorium merupakan kunci dalam mengkarakterisasi penyakit dan epidemiologi agen infeksius yang muncul serta mengendalikan penyebarannya.
Diagnosis COVID-19 memerlukan informasi epidemiologi dan medis, gejala/tanda pribadi, serta data radiografi dan laboratorium2. Sejak wabah COVID-19 dilaporkan di Wuhan, Tiongkok, banyak tes amplifikasi asam nukleat komersial (NAAT) telah dikembangkan di seluruh dunia. Reaksi rantai polimerase transkripsi balik waktu nyata (rRT-PCR) telah digunakan sebagai metode rutin dan standar untuk diagnosis laboratorium infeksi sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2)3. Deteksi molekuler SARS-CoV-2 biasanya didasarkan pada gen N (gen protein nukleokapsid), E (gen protein amplop), dan RdRp (gen RNA polimerase yang bergantung pada RNA) di ORF1a/b (bingkai pembacaan terbuka 1a/b) . gen) wilayah yang diidentifikasi dari genom virus. Kawasan ini dianggap sebagai kawasan konservasi utama yang ditemukan dalam genom virus untuk pengenalan virus4. Di antara gen-gen tersebut, gen RdRp dan E memiliki sensitivitas deteksi analitik yang tinggi, sedangkan gen N memiliki sensitivitas analitik yang rendah5.
Kinerja pengujian PCR dapat bervariasi tergantung pada berbagai faktor seperti: reagen ekstraksi, reagen amplifikasi/deteksi, metode ekstraksi, kualitas mesin PCR dan instrumen lainnya. Pada April 2020, lebih dari 48 perangkat diagnostik berbeda dari sembilan negara telah menerima Otorisasi Penggunaan Darurat (EUA) untuk diagnostik COVID-196. Di Ethiopia, lebih dari 14 platform PCR real-time digunakan untuk deteksi PCR SARS-CoV-2 di 26 institusi kesehatan masyarakat, termasuk ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 dan Quant-studio7. Selain itu, tersedia berbagai alat tes PCR seperti tes Daan Gene, tes Abbott SARS-CoV-2, tes Sansure Biotech, dan tes BGI SARS-CoV-2. Meskipun rRT-PCR sangat sensitif, beberapa pasien COVID-19 melaporkan hasil negatif palsu karena salinan asam ribonukleat (RNA) virus dalam sampel tidak mencukupi karena pengumpulan, pengangkutan, penyimpanan dan penanganan yang tidak tepat, serta pengujian laboratorium. kondisi dan tindakan personel8. Selain itu, kesalahan penanganan sampel atau kontrol, pengaturan ambang batas siklus (Ct), dan reaktivitas silang dengan asam nukleat patogen lainnya atau RNA SARS-CoV-2 yang tidak aktif/sisa dapat menyebabkan hasil positif palsu pada pengujian rRT-PCR9. Dengan demikian, jelas bahwa tes PCR memang dapat mengidentifikasi pembawa fragmen gen, karena tes tersebut bahkan tidak dapat membedakan gen virus yang benar-benar aktif, sehingga tes tersebut hanya dapat mengidentifikasi pembawa dan bukan pasien10. Oleh karena itu, penting untuk menilai kinerja diagnostik menggunakan metode standar di lingkungan kami. Meskipun banyak reagen NAAT tersedia di Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia (EPHI) dan di seluruh negeri, belum ada evaluasi perbandingan efektivitasnya yang dilaporkan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja komparatif peralatan yang tersedia secara komersial untuk mendeteksi SARS-CoV-2 dengan rRT-PCR menggunakan spesimen klinis.
Sebanyak 164 peserta yang diduga COVID-19 dilibatkan dalam penelitian ini. Mayoritas sampel berasal dari pusat pengobatan (118/164 = 72%), sedangkan sisanya sebanyak 46 (28%) peserta berasal dari non pusat pengobatan. Di antara peserta yang tidak dirawat di pusat tersebut, 15 (9,1%) memiliki kasus suspek klinis dan 31 (18,9%) memiliki kontak dengan kasus yang dikonfirmasi. Sembilan puluh tiga (56,7%) peserta adalah laki-laki, dan rata-rata (± SD) usia peserta adalah 31,10 (± 11,82) tahun.
Dalam studi ini, tingkat positif dan negatif dari empat tes COVID-19 ditentukan. Dengan demikian, tingkat positif uji Abbott SARS-CoV-2, uji Daan Gene 2019-nCoV, uji BGI SARS-CoV-2, dan uji Sansure Biotech 2019-nCoV masing-masing adalah 59,1%, 58,5%, 57,9%, dan 55,5%. . Skor standar referensi komposit (CRS) positif dan negatif masing-masing adalah 97 (59,1%) dan 67 (40,9%) (Tabel 1). Dalam penelitian ini, definisi CRS didasarkan pada aturan “setiap positif”, dimana dari empat hasil tes, dua atau lebih hasil tes yang memberikan hasil yang sama dianggap benar positif atau negatif.
Dalam penelitian ini, kami menemukan persentase persetujuan negatif (NPA) sebesar 100% (95% CI 94,6–100) untuk semua analisis dibandingkan dengan CRS. Analisis Sansure Biotechnology menunjukkan PPA minimal 93,8% (95% CI 87,2-97,1) dan analisis Daan Gene 2019-nCoV mendapat persetujuan keseluruhan sebesar 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Sebaliknya, kesesuaian keseluruhan antara uji BGI SARS-CoV-2 dan uji Sansure Biotech 2019-nCoV masing-masing adalah 98,8% dan 96,3% (Tabel 2).
Koefisien kesepakatan kappa Cohen antara hasil uji CRS dan Abbott SARS-CoV-2 sepenuhnya konsisten (K = 1,00). Demikian pula, nilai kappa Cohen yang terdeteksi oleh Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, dan Sansure Biotech 2019-nCoV juga sepenuhnya konsisten dengan CRS (K ≥ 0,925). Dalam analisis komparatif ini, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech 2019-nCoV berbeda secara signifikan dengan hasil CRS (p = 0,031) (Tabel 2).
Seperti yang ditunjukkan pada Gambar.1 persentase nilai Ct terendah (< 20 Ct) pada uji Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) adalah 87,6% dan nilai Ct gen ORF1a/b pada uji Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan persentase yang rendah Nilai Ct (<20 Ct) adalah 50,3% dan nilai Ct yang tinggi (36-40 Ct) adalah 3,2%. 1 persentase nilai Ct terendah (< 20 Ct) pada uji Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) adalah 87,6% dan nilai Ct gen ORF1a/b pada uji Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan persentase yang rendah Nilai Ct (<20 Ct) adalah 50,3% dan nilai Ct yang tinggi (36-40 Ct) adalah 3,2%.Seperti yang ditunjukkan pada Gambar.1, peningkatan jumlah Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp dan N) 87,6%, dan значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, dan Ct tertinggi (36–40 Ct) sebesar 3,2%. 1, persentase nilai Ct terendah (< 20 Ct) analisis Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) adalah 87,6%, dan nilai Ct analisis gen ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan bahwa persentase nilai Ct rendah (< 20 Ct) berjumlah 50,3%, dan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) menyumbang 3,2%.1%,Abbott SARS-CoV-2 2%(RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct)为87.6%,Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36–40 Ct) persentasenya 3,2%。 Seperti terlihat pada Gambar 1, persentase nilai Ct terendah (< 20 Ct) pada uji Abbott SARS-CoV-2 (kombinasi gen RdRp dan N) adalah 87,6%, nilai Ct gen ORF1a/b pada uji Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan persentase Ct值(< 20 Ct) yang rendah adalah 50,3%, 高Ct值(36–40 Kt) persentasenya adalah 3,2%. Seperti yang terjadi pada kasus 1, analisis Abbott SARS-CoV-2 (penyebab utama RdRp dan N) dan tidak ada solusi lain значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, dan а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал tidak ada Ct. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1, uji Abbott SARS-CoV-2 (menggabungkan gen RdRp dan N) memiliki persentase nilai Ct terendah (<20 Ct) yaitu 87,6%, sedangkan nilai Ct gen ORF1a/b pada Sansure Studi Biotech 2019 – Analisis nCoV menunjukkan Ct yang rendah. Tingginya volume (< 20 Kt) sebesar 50,3%, dan peningkatan sebesar 3,2% Ct (36–40 Kt). Persentase nilai (< 20 Ct) sebesar 50,3%, dan persentase nilai Ct tinggi (36–40 Ct) sebesar 3,2%.Tes Abbott SARS-CoV-2 B mencatat nilai Ct di atas 30. Sedangkan pada BGI SARS-CoV-2 assay gen ORF1a/b mempunyai nilai Ct yang tinggi (>36 Ct) dengan persentase sebesar 4% (Gambar 1). Sedangkan pada BGI SARS-CoV-2 assay gen ORF1a/b mempunyai nilai Ct yang tinggi (>36 Ct) dengan persentase sebesar 4% (Gambar 1). Dengan kata lain, dalam analisis BGI SARS-CoV-2 dengan ORF1a/b dan nilai Ct (> 36 Ct), lebih tinggi biaya 4% (рис. 1). Sebaliknya pada analisis BGI gen SARS-CoV-2 ORF1a/b mempunyai nilai Ct yang tinggi (>36 Ct) dengan persentase sebesar 4% (Gambar 1).另一方面,在BGI SARS-CoV-2 检测中,ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图1）。 Sedangkan pada deteksi BGI SARS-CoV-2, persentase gen ORF1a/b dengan nilai Ct tinggi (>36 Ct) adalah 4% (Gambar 1). Dalam jumlah besar, dalam analisis BGI SARS-CoV-2 yang menghasilkan ORF1a/b dengan jumlah Ct (>36 Ct) sebesar 4% (рис. 1). Sedangkan pada analisis BGI SARS-CoV-2, persentase gen ORF1a/b dengan nilai Ct tinggi (>36 Ct) adalah 4% (Gbr. 1).
Pada penelitian ini, kami mengambil 164 sampel nasofaring. Untuk semua jenis pengujian, isolasi dan amplifikasi RNA dilakukan menggunakan metode dan kit yang direkomendasikan oleh masing-masing produsen.
Studi ini menunjukkan bahwa tes Abbott untuk SARS-CoV-2 memiliki kinerja deteksi yang sama dengan CRS, dengan kesesuaian positif, negatif, dan keseluruhan 100%. Perjanjian kappa Cohen adalah 1,00, menunjukkan persetujuan penuh dengan CRS. Studi serupa yang dilakukan Universitas Washington di AS menemukan bahwa keseluruhan sensitivitas dan spesifisitas tes Abbott untuk SARS-CoV-2 masing-masing adalah 93% dan 100%, dibandingkan dengan uji laboratorium (LDA) yang dilakukan CDC. . 11. Sistem deteksi SARS-CoV-2 Abbott didasarkan pada deteksi gabungan gen N dan RdRp secara simultan, karena kedua gen tersebut lebih sensitif, sehingga meminimalkan negatif palsu12. Sebuah penelitian di Wina, Austria juga menunjukkan bahwa volume sampel ekstraksi yang besar dan volume eluen deteksi meminimalkan efek pengenceran dan meningkatkan efisiensi deteksi13. Oleh karena itu, kecocokan sempurna Abbott untuk pengujian SARS-CoV-2 dapat dikaitkan dengan sistem deteksi platform yang secara bersamaan mendeteksi gen kombinatorial, mengekstrak sampel dalam jumlah besar (0,5 ml), dan menggunakan eluen dalam jumlah besar (40 μl).
Hasil kami juga menunjukkan bahwa kinerja deteksi tes genetik Daan hampir sama dengan CRS. Hal ini konsisten dengan penelitian14 yang dilakukan di Universitas Anhui di Huainan, Tiongkok, dan klaim produsen yang 100% setuju positif. Meskipun terdapat laporan mengenai hasil yang konsisten, satu sampel menunjukkan hasil negatif palsu setelah pengujian ulang eluat yang sama, namun hasilnya positif pada pengujian Abbott SARS-CoV-2 dan Sansure Biotech nCoV-2019. Hal ini menunjukkan bahwa mungkin terdapat variabilitas hasil pada berbagai jenis pengujian. Namun demikian, dalam penelitian yang dilakukan di Tiongkok15, hasil pengujian Daan Gene berbeda secara signifikan (p <0,05) dibandingkan dengan pengujian referensi yang ditentukan di laboratorium. Namun demikian, dalam penelitian yang dilakukan di Tiongkok15, hasil pengujian Daan Gene berbeda secara signifikan (p <0,05) dibandingkan dengan pengujian referensi yang ditentukan di laboratorium. Saya tidak tahu, di tahun 15, saya menganalisis Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) dari analisis lainnya. Namun, dalam sebuah penelitian di China15, hasil analisis Daan Gene berbeda secara signifikan (p <0,05) dari analisis referensi laboratorium mereka.然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）。然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测bisnis asuransi kesehatan <0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Namun, dalam sebuah penelitian di China15, hasil tes genetik Daan berbeda secara signifikan (p <0,05) dibandingkan dengan tes laboratorium rujukannya.Perbedaan ini mungkin disebabkan oleh sensitivitas tes referensi untuk mendeteksi SARS-CoV-2, dan penelitian lebih lanjut mungkin penting untuk mengetahui penyebabnya.
Selain itu, penelitian kami mengevaluasi kinerja komparatif uji BGI SARS-CoV-2 dengan CRS, menunjukkan persentase kesesuaian positif yang sangat baik (PPA = 97,9%), persentase kesesuaian negatif (NPA = 100%), dan persentase kesesuaian keseluruhan berdasarkan gender ( OPA). ). = 98,8%). Nilai Kappa Cohen menunjukkan kesesuaian yang baik (K = 0,975). Penelitian di Belanda16 dan Tiongkok15 menunjukkan hasil yang konsisten. Tes BGI SARS-CoV-2 adalah tes deteksi gen tunggal (ORF1a/b) menggunakan 10 μl amplifikasi/deteksi eluat. Meskipun statistiknya sesuai dengan hasil referensi kami, analisis tersebut melewatkan dua sampel positif (1,22%) dari total sampel. Hal ini dapat mempunyai implikasi klinis yang besar terhadap dinamika penularan baik pada tingkat pasien maupun komunitas.
Analisis komparatif lain yang termasuk dalam penelitian ini adalah uji Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); persentase pertandingan keseluruhan adalah 96,3%. Kekuatan kesepakatan juga ditentukan oleh nilai Cohen's Kappa yaitu 0,925 yang menunjukkan persetujuan penuh dengan CRS. Sekali lagi, hasil kami serupa dengan penelitian yang dilakukan di Central South University di Changsha, Tiongkok, dan di Departemen Laboratorium Klinis Rumah Sakit Rakyat Liuzhou, Kota Liuzhou, Tiongkok17. Meskipun kesesuaian statistik di atas tercatat baik, uji chi-square (uji MacNemar) menunjukkan bahwa hasil pengujian Sansure Biotech memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p <0,005). Meskipun kesesuaian statistik di atas tercatat baik, uji chi-square (uji MacNemar) menunjukkan bahwa hasil pengujian Sansure Biotech memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p <0,005). Tidak hanya itu, Anda juga perlu mengetahui statistik yang dapat diandalkan, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Meskipun terdapat kesepakatan statistik yang baik di atas, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan bahwa hasil pengujian Sansure Biotech memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p <0,005).perusahaan farmasi, perusahaan MacNemar, perusahaan Sansure Biotech, perusahaan CRS相比具有统计学显着差异（p < 0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 , 但 检验 （（macnemar 检验 表明 , , sansure biotech 检测 结果 与 crs相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) setara dengan Sansure Biotech dan CRS. Meskipun terdapat kesepakatan statistik yang baik seperti disebutkan di atas, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan perbedaan yang signifikan secara statistik (p <0,005) antara pengujian Sansure Biotech dan CRS.Enam sampel (3,66%) ditemukan negatif palsu dibandingkan dengan CRS (Tabel Tambahan 1); Hal ini sangat penting, apalagi mengingat dinamika penularan virus. Data di atas juga mendukung tingkat deteksi yang rendah ini15.
Dalam studi ini, nilai Ct ditentukan untuk setiap pengujian dan platform masing-masing, dengan nilai rata-rata Ct terendah dilaporkan dalam pengujian Abbott SARS-CoV-2. Hasil ini mungkin terkait dengan sistem pengujian genetik gabungan simultan Abbott untuk mendeteksi SARS-CoV-2. Oleh karena itu, menurut Gambar 1, 87,6% hasil Abbott SARS-CoV-2 memiliki nilai Ct di bawah 20. Hanya sebagian kecil hasil sampel (12,4%) yang berada pada kisaran 20-30. Nilai Ct di atas 30 tidak dicatat. Selain penggunaan format pengujian genetik panel SARS-CoV-2 oleh Abbott, hasil ini mungkin terkait dengan batas deteksi yang lebih rendah (32,5 salinan RNA/mL)18, yang tiga kali lebih rendah dari batas bawah perusahaan yaitu 100 salinan RNA. /mL. ml)19.
Penelitian ini memiliki beberapa keterbatasan: pertama, kami tidak memiliki metode standar/referensi [seperti viral load atau tes laboratorium lainnya (LDA)] karena kurangnya sumber daya. Kedua, seluruh spesimen yang digunakan dalam penelitian ini adalah usap nasofaring, sedangkan hasilnya tidak dapat diterapkan pada jenis spesimen lain, dan ketiga, ukuran sampel kami kecil.
Studi ini membandingkan kinerja empat tes rRT-PCR untuk SARS-CoV-2 menggunakan sampel nasofaring. Semua pengujian deteksi memiliki kinerja yang hampir sebanding, kecuali pengujian Sansure Biotech. Selain itu, tingkat kepositifan yang rendah diidentifikasi dalam uji Sansure Biotech dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Selain itu, tingkat kepositifan yang rendah diidentifikasi dalam uji Sansure Biotech dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Selain itu, Sansure Biotech juga menawarkan layanan yang dapat diterima oleh CRS (p < 0,05). Selain itu, uji Sansure Biotech menunjukkan persentase hasil positif yang rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05).此外,与CRS 相比,Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外,与CRS 相比,Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Selain itu, Sansure Biotech juga telah menerima bantuan dari CRS (p < 0,05). Selain itu, uji Sansure Biotech memiliki tingkat positif yang lebih rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05).Analisis Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) terhadap PPA, NPA, dan kesepakatan keseluruhan melebihi 93,5% dengan nilai kekuatan kesepakatan Cohen Kappa sebesar 0,925. Terakhir, Sansure Biotech Assay (RUO) memerlukan validasi lebih lanjut untuk digunakan di Ethiopia, dan penelitian tambahan harus dipertimbangkan untuk mengevaluasi klaim dari masing-masing produsen.
Desain studi banding dilakukan di empat fasilitas kesehatan di Addis Ababa, yaitu Rumah Sakit Eka Kotebe, Pusat Perawatan Gereja Millennium, Rumah Sakit Zewooditu Memorial, dan Rumah Sakit Spesialis Tuberkulosis St. Data dikumpulkan antara tanggal 1 dan 31 Desember 2020. Fasilitas medis untuk penelitian ini sengaja dipilih berdasarkan tingginya jumlah kasus dan ketersediaan pusat perawatan utama di kota tersebut. Demikian pula, instrumen, termasuk instrumen PCR real-time ABI 7500 dan Abbott m2000, dipilih berdasarkan rekomendasi dari produsen reagen NAAT, dan empat kit deteksi PCR dipilih untuk penelitian ini, karena sebagian besar laboratorium di Ethiopia menggunakan setidaknya setidaknya empat dari mereka. Tes gen, tes Abbott SARS-CoV-2, tes Sansure Biotech, dan tes BGI SARS-CoV-2 dilakukan selama penelitian).
Pengujian SARS-CoV-2 dilakukan mulai 1 hingga 30 Desember 2020 menggunakan 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Tiongkok) dari individu yang sedang diselidiki untuk COVID-19 yang dirujuk ke EPHI. Sampel nasofaring dikumpulkan oleh pengumpul sampel terlatih dan dikirim ke EPHI dalam tiga paket. Sebelum isolasi asam nukleat, setiap sampel diberi nomor identifikasi unik. Ekstraksi dilakukan dari setiap sampel segera setelah tiba dengan menggunakan metode ekstraksi manual dan otomatis. Jadi, untuk ekstraksi otomatis Abbott m2000, 1,3 ml (termasuk 0,8 ml volume mati dan 0,5 ml volume masuk ekstraksi) sampel diekstraksi dari setiap sampel dan melewati Sistem Persiapan Sampel DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, AS). ) Sejumlah 96 [92 sampel, dua kontrol deteksi, dan dua kontrol non-templat (NTC)] diikutsertakan dalam keseluruhan proses (pengambilan dan deteksi) dua putaran SARS-CoV-2 (EUA) secara real-time. pertambangan. Demikian pula, untuk ekstraksi manual, gunakan sampel yang sama (untuk ekstraksi dan penemuan otomatis). Jadi, selama proses berlangsung, 140 μl sampel dialokasi dan diekstraksi menggunakan QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Jerman) dalam batch 24 (termasuk 20 sampel, dua kontrol pengujian, dan dua NTC) selama sembilan putaran. Eluat yang diekstraksi secara manual diamplifikasi dan dideteksi menggunakan thermal cycler ABI 7500 menggunakan uji SARS-CoV-2 BGI, uji Daan Gene, dan uji Sansure Biotech.
Isolasi dan pemurnian otomatis RNA virus SARS-CoV-2 mengikuti prinsip manik magnetik menggunakan reagen persiapan sampel DNA Abbott. Inaktivasi sampel dan pelarutan partikel virus dilakukan dengan menggunakan deterjen yang mengandung guanidine isothiocyanate untuk mendenaturasi protein dan menonaktifkan RNase. RNA kemudian dipisahkan dari protein dengan pemisahan fase padat menggunakan silika, yaitu garam guanidinium dan pH basa dari buffer lisis mendorong pengikatan asam nukleat ke silika (SiO2). Langkah pembilasan menghilangkan sisa protein dan kotoran untuk menghasilkan larutan bening. RNA transparan diisolasi dari mikropartikel berbasis silika menggunakan medan magnet instrumen20,21. Sebaliknya, isolasi dan pemurnian RNA secara manual dilakukan dengan metode kolom putar menggunakan sentrifugasi sebagai pengganti dudukan magnet dan pemisahan mikropartikel dari eluen.
Tes Deteksi SARS-CoV-2 Abbott Real-Time (Abbott Molecular, Inc.) dilakukan sesuai dengan instruksi pabrik, yang menerima EUA19,22 dari WHO dan FDA. Dalam protokol ini, inaktivasi sampel sebelum ekstraksi dilakukan dalam penangas air pada suhu 56 °C selama 30 menit. Setelah inaktivasi virus, ekstraksi asam nukleat dilakukan pada instrumen Abbott m2000 SP dari 0,5 ml VTM menggunakan sistem preparasi sampel DNA Abbott m2000. menurut pabrikan. Amplifikasi dan deteksi dilakukan menggunakan instrumen Abbott m2000 RT-PCR, dan deteksi ganda dilakukan untuk gen RdRp dan N. ROX) dan VIC P (pewarna berpemilik) untuk penargetan dan deteksi kontrol internal, memungkinkan deteksi simultan terhadap kedua produk amplifikasi 19 .
Metode deteksi amplifikasi kit ini didasarkan pada teknologi RT-PCR satu langkah. Gen ORF1a/b dan N dipilih sebagai kawasan yang dilestarikan oleh Daan Gene Technology untuk mendeteksi amplifikasi wilayah target. Primer spesifik dan probe fluoresen (probe gen N berlabel FAM, probe ORF1a/b berlabel VIC) telah dirancang untuk mendeteksi RNA SARS-CoV-2 dalam sampel. Eluen akhir dan campuran master dibuat dengan menambahkan 5 μl eluen ke dalam 20 μl campuran master hingga volume akhir 25 μl. Amplifikasi dan deteksi dilakukan secara bersamaan pada instrumen PCR real-time ABI 750024.
Gen ORF1a/b dan N dideteksi menggunakan Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (deteksi PCR fluoresen). Siapkan probe spesifik untuk setiap gen target dengan memilih saluran FAM untuk wilayah ORF1a/b dan saluran ROX untuk gen N. Ke dalam alat uji ini, reagen eluen dan campuran utama ditambahkan sebagai berikut: siapkan 30 μl reagen campuran utama dan 20 μl sampel yang dielusi untuk deteksi/amplifikasi. PCR ABI 750025 waktu nyata digunakan untuk amplifikasi/deteksi.
Tes BGI SARS-CoV-2 adalah kit rRT-PCR real-time berpendar untuk diagnosis COVID-19. Wilayah target terletak di wilayah ORF1a/b genom SARS-CoV-2, yang merupakan metode deteksi gen tunggal. Selain itu, gen rumah tangga manusia β-aktin adalah gen target yang diatur secara internal. Campuran master dibuat dengan mencampurkan 20 μl reagen campuran utama dan 10 μl sampel RNA yang diekstraksi ke dalam pelat sumur26. Instrumen PCR real-time kuantitatif fluoresen ABI 7500 digunakan untuk amplifikasi dan deteksi. Semua amplifikasi asam nukleat, kondisi pengoperasian PCR untuk setiap pengujian, dan interpretasi hasil dilakukan sesuai dengan instruksi pabrik masing-masing (Tabel 3).
Dalam analisis komparatif ini, kami tidak menggunakan metode standar acuan untuk menentukan persentase kesesuaian (positif, negatif, dan keseluruhan) dan parameter perbandingan lainnya untuk keempat analisis. Setiap perbandingan tes dilakukan dengan CRS, dalam penelitian ini CRS ditetapkan dengan aturan “apa saja positif” dan hasilnya ditentukan, bukan dengan tes tunggal, kami menggunakan setidaknya dua hasil tes yang cocok. Selain itu, dalam kasus penularan COVID-19, hasil negatif palsu lebih berbahaya dibandingkan hasil positif palsu. Oleh karena itu, untuk mengatakan “positif” seakurat mungkin dari hasil CRS, setidaknya dua tes pengujian harus positif, yang berarti bahwa setidaknya satu hasil positif kemungkinan besar berasal dari tes EUA. Dengan demikian, dari empat hasil tes, dua atau lebih hasil tes yang memberikan hasil yang sama dianggap benar positif atau negatif18,27.
Data dikumpulkan dengan menggunakan formulir ekstraksi data terstruktur, entri data dan analisis dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak statistik Excel dan SPSS versi 23.0 untuk statistik deskriptif. Persentase persetujuan positif, negatif, dan keseluruhan dianalisis, dan skor Kappa digunakan untuk menentukan tingkat kesesuaian setiap metode dengan CRS. Nilai Kappa diinterpretasikan sebagai berikut: 0,01-0,20 untuk persetujuan ringan, 0,21-0,40 untuk persetujuan umum, 0,41-0,60 untuk persetujuan sedang, 0,61-0,80 untuk persetujuan besar, dan 0,81-0,99 untuk persetujuan lengkap28.
Izin etis diperoleh dari Universitas Addis Ababa dan semua protokol eksperimental untuk penelitian ini disetujui oleh Dewan Peninjau Etika Ilmiah Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia. Nomor referensi Lisensi Etika EPHI adalah EPHI/IRB-279-2020. Seluruh metode diterapkan sesuai dengan rekomendasi dan ketentuan Pedoman Komprehensif Nasional Pengobatan COVID-19 Ethiopia. Selain itu, persetujuan tertulis diperoleh dari semua peserta penelitian sebelum berpartisipasi dalam penelitian ini.
Semua data yang diperoleh atau dianalisis dalam penelitian ini disertakan dalam artikel yang diterbitkan ini. Data yang mendukung hasil penelitian ini tersedia dari masing-masing penulis berdasarkan permintaan yang masuk akal.
Organisasi Kesehatan Dunia. Rekomendasi Strategi Pengujian Laboratorium untuk COVID-19: Panduan Sementara, 21 Maret 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis cerdas COVID-19 di Unit Gawat Darurat: Praktik Lengkap. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis cerdas COVID-19 di Unit Gawat Darurat: Praktik Lengkap.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. dan Gurgulianis, KI Diagnosis cerdas COVID-19 di unit gawat darurat: semuanya dalam praktik.Muliou DS, Pantazopoulos I. dan Gurgulyanis KI Diagnosis cerdas COVID-19 di unit gawat darurat: integrasi menyeluruh dalam praktik. Ahli Pendeta Respire. obat-obatan. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi uji EUA ID NOW COVID19. Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi uji EUA ID NOW COVID19.Mitchell, SL dan St. George, K. Evaluasi uji EUA ID NOW COVID19.Mitchell SL dan St. George K. Evaluasi uji COVID19 ID NOW EUA. J. Klinis. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
SIAPA. Deteksi laboratorium penyakit virus corona 2019 (COVID-19) pada dugaan penyakit manusia. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (diakses 15 Agustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. dkk. Diagnosis COVID-19: Penyakit dan Alat Pengujian. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S.dkk. Pendirian Sekolah Tinggi Patologi Afrika Timur, Tengah dan Selatan – Sekolah Patologi Regional Timur Tengah dan Afrika Selatan. Afrika. J.Lab. obat-obatan. 9(1), 1-8 (2020).
Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia, Kementerian Kesehatan Federal. Strategi Nasional Sementara dan Pedoman Diagnosis Laboratorium COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (diakses 12 Agustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tes negatif palsu untuk tantangan dan implikasi infeksi SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tes negatif palsu untuk tantangan dan implikasi infeksi SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim AS Tes negatif palsu untuk infeksi SARS-CoV-2 dan konsekuensinya.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim AS Tes negatif palsu untuk provokasi dan dampak infeksi SARS-CoV-2. N.eng. J.Kedokteran. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 positif palsu dan negatif palsu: Strategi pencegahan dan pengelolaan pernapasan, vaksinasi, dan perspektif lebih lanjut. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 positif palsu dan negatif palsu: Strategi pencegahan dan pengelolaan pernapasan, vaksinasi, dan perspektif lebih lanjut. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные dan ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и tagihan listrik, tagihan, dan biaya tambahan. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus positif palsu dan negatif palsu COVID-19: strategi pencegahan dan pengobatan pernafasan, vaksinasi dan langkah ke depan.Muliu, DS dan Gurgulianis, KI Kasus positif palsu dan negatif palsu COVID-19: strategi pencegahan dan pengobatan pernafasan, vaksinasi dan langkah ke depan. Ahli Pendeta Respire. obat-obatan. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di unit gawat darurat: Melihat pohon tetapi kehilangan hutan. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di unit gawat darurat: Melihat pohon tetapi kehilangan hutan.Mouliou, DS, Ioannis, P. dan Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di Unit Gawat Darurat: Lihat Pohon, Hilangkan Hutan.Muliou DS, Ioannis P., dan Konstantinos G. Diagnosis COVID-19 di Ruang Gawat Darurat: Tidak Cukup Hutan untuk Pepohonan. Muncul. obat-obatan. J.https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. dkk. Validasi dan Validasi Kinerja Analitik dan Klinis Uji Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Klinis. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Membandingkan lima set primer dari wilayah genom COVID-19 yang berbeda untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari wilayah genom COVID-19 berbeda untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. dan Aflatunyan, B. Perbandingan lima set primer dari berbagai wilayah genom COVID-19 untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19 pemeriksaan laboratorium RT-PCR dan RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan 5 wilayah genetik COVID-19 yang berbeda untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. dan Aflatunyan B. Perbandingan lima set primer dari berbagai wilayah genom COVID-19 untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional.Iran. J.Mikrobiologi. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. dkk. Hasil awal program penilaian kualitas eksternal nasional untuk deteksi rangkaian genom SARS-CoV-2. J. Klinis. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. dkk. Evaluasi Analitik Efikasi Lima Kit RT-PCR pada Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. J. Klinis. laboratorium. dubur. 35(1), e23643 (2021).
Wang B.dkk. Evaluasi tujuh alat pendeteksi RNA SARS-CoV-2 yang tersedia secara komersial di Tiongkok berdasarkan reaksi berantai polimerase (PCR) waktu nyata. klinis. Kimia. laboratorium. obat-obatan. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB dkk. Perbandingan tujuh kit diagnostik RT-PCR COVID-19 komersial. J. Klinis. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, dkk. Perbandingan kinerja diagnostik dua kit PCR untuk mendeteksi asam nukleat SARS-CoV-2. J. Klinis. laboratorium. dubur. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, dll. Sebuah studi perbandingan terhadap empat platform pengujian amplifikasi asam nukleat (NAAT) SARS-CoV-2 menunjukkan bahwa kinerja ID NOW menurun secara signifikan tergantung pada pasien dan jenis sampel. diagnosa. mikrobiologi. Menulari. dis. 99(1), 115200 (2021).
Molekul Abbott. Sisipan paket analisis SARS-CoV-2 real-time Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Per 10 Agustus 2020) (2020).
Klein, S.dkk. Isolasi RNA SARS-CoV-2 menggunakan manik magnetik untuk deteksi cepat skala besar dengan RT-qPCR dan RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).