Pelaksanaan empat uji amplifikasi asam nukleat untuk mengidentifikasi SARS-CoV-2 di Ethiopia

Terima kasih telah mengunjungi Nature.com. Anda menggunakan versi browser dengan dukungan CSS terbatas. Untuk pengalaman terbaik, kami sarankan Anda menggunakan browser yang diperbarui (atau nonaktifkan Mode Kompatibilitas di Internet Explorer). Selain itu, untuk memastikan dukungan yang berkelanjutan, kami menampilkan situs tanpa gaya dan JavaScript.
Menampilkan rangkaian tiga slide sekaligus. Gunakan tombol Sebelumnya dan Berikutnya untuk berpindah melalui tiga slide sekaligus, atau gunakan tombol penggeser di bagian akhir untuk berpindah melalui tiga slide sekaligus.
Sejak merebaknya penyakit koronavirus (COVID-19) pada tahun 2019, banyak uji amplifikasi asam nukleat (NAAT) komersial telah dikembangkan di seluruh dunia dan telah menjadi uji standar. Meskipun beberapa uji dengan cepat dikembangkan dan diterapkan pada uji diagnostik laboratorium, kinerja uji ini belum dievaluasi dalam berbagai situasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja uji Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, dan Sansure Biotech menggunakan Composite Reference Standard (CRS). Penelitian ini dilakukan di Ethiopian Public Health Institute (EPHI) dari tanggal 1 hingga 30 Desember 2020. Sebanyak 164 sampel nasofaring diekstraksi menggunakan QIAamp RNA mini kit dan sistem persiapan sampel DNA Abbott. Dari 164 spesimen, 59,1% positif dan 40,9% negatif untuk CRS. Tingkat positif Sansure Biotech secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan CRS (p < 0,05). Tingkat positif Sansure Biotech secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan CRS (p < 0,05). Sansure Biotech memiliki nilai lebih tinggi dibandingkan dengan CRS (p < 0,05). Hasil positif Sansure Biotech secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan CRS (p < 0,05).与CRS 相比,Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比,Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 Sansure Biotech memiliki kemampuan yang lebih besar dibandingkan dengan CRS (p < 0,05). Sansure Biotech memiliki hasil positif yang secara signifikan lebih sedikit dibandingkan dengan CRS (p < 0,05).Keseluruhan persetujuan dari keempat analisis tersebut adalah 96,3–100% dibandingkan dengan CRS. Selain tingkat positifitas yang rendah dari uji Sansure Biotech, kinerja keempat uji tersebut hampir sebanding. Dengan demikian, uji Sansure Biotech [Hanya Penelitian (RUO)] memerlukan validasi tambahan untuk penggunaannya di Ethiopia. Terakhir, penelitian tambahan harus dipertimbangkan untuk mengevaluasi uji dengan klaim produsen yang sesuai.
Pengujian laboratorium merupakan bagian dari Rencana Strategis Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) untuk Kesiapsiagaan dan Respons (SPRP) terhadap Penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19). WHO menyarankan agar negara-negara membangun kapasitas laboratorium untuk meningkatkan kesiapsiagaan, manajemen kasus yang tepat, kewaspadaan, dan respons cepat terhadap tantangan kesehatan masyarakat. Hal ini menunjukkan bahwa peran laboratorium sangat penting untuk mengidentifikasi penyakit dan epidemiologi agen infeksius yang baru muncul serta mengendalikan penyebarannya.
Diagnosis COVID-19 memerlukan informasi epidemiologi dan medis, gejala/tanda pribadi, serta data radiografi dan laboratorium2. Sejak wabah COVID-19 dilaporkan di Wuhan, Tiongkok, banyak uji amplifikasi asam nukleat (NAAT) komersial telah dikembangkan di seluruh dunia. Reaksi berantai polimerase transkripsi balik waktu nyata (rRT-PCR) telah digunakan sebagai metode rutin dan standar untuk diagnosis laboratorium infeksi sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2)3. Deteksi molekuler SARS-CoV-2 biasanya didasarkan pada gen N (gen protein nukleokapsid), E (gen protein amplop), dan RdRp (gen RNA polimerase dependen RNA) di wilayah gen ORF1a/b (bingkai baca terbuka 1a/b). yang diidentifikasi dari genom virus. Mereka dianggap sebagai wilayah terkonservasi utama yang ditemukan dalam genom virus untuk pengenalan virus4. Di antara gen-gen ini, gen RdRp dan E memiliki sensitivitas deteksi analitis yang tinggi, sedangkan gen N memiliki sensitivitas analitis yang rendah5.
Kinerja uji PCR dapat bervariasi tergantung pada berbagai faktor seperti: reagen ekstraksi, reagen amplifikasi/deteksi, metode ekstraksi, kualitas mesin PCR, dan instrumen lainnya. Hingga April 2020, lebih dari 48 perangkat diagnostik berbeda dari sembilan negara telah menerima Izin Penggunaan Darurat (EUA) untuk diagnostik COVID-196. Di Ethiopia, lebih dari 14 platform PCR real-time digunakan untuk deteksi PCR SARS-CoV-2 di 26 lembaga kesehatan publik, termasuk ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000, dan Quant-studio7. Selain itu, berbagai kit uji PCR tersedia, seperti uji Daan Gene, uji Abbott SARS-CoV-2, uji Sansure Biotech, dan uji SARS-CoV-2 BGI. Meskipun rRT-PCR sangat sensitif, beberapa pasien dengan COVID-19 melaporkan hasil negatif palsu karena salinan asam ribonukleat (RNA) virus yang tidak mencukupi dalam sampel karena pengumpulan, pengangkutan, penyimpanan dan penanganan yang tidak tepat, dan pengujian laboratorium. kondisi dan tindakan personel8. Selain itu, kesalahan penanganan sampel atau kontrol, pengaturan ambang siklus (Ct), dan reaktivitas silang dengan asam nukleat patogenik lain atau RNA SARS-CoV-2 yang tidak aktif/residu dapat menyebabkan hasil positif palsu dalam uji rRT-PCR9. Dengan demikian, jelas bahwa uji PCR memang dapat mengidentifikasi pembawa fragmen gen, karena uji tersebut bahkan tidak dapat membedakan antara gen virus yang benar-benar aktif, sehingga uji tersebut hanya dapat mengidentifikasi pembawa dan bukan pasien10. Oleh karena itu, penting untuk menilai kinerja diagnostik menggunakan metode standar dalam pengaturan kami. Meskipun banyak reagen NAAT tersedia di Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia (EPHI) dan di seluruh negeri, belum ada evaluasi komparatif tentang efektivitasnya yang dilaporkan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja komparatif kit yang tersedia secara komersial untuk mendeteksi SARS-CoV-2 dengan rRT-PCR menggunakan spesimen klinis.
Sebanyak 164 peserta yang diduga COVID-19 diikutsertakan dalam penelitian ini. Mayoritas sampel berasal dari pusat perawatan (118/164 = 72%), sedangkan 46 (28%) peserta sisanya berasal dari pusat nonperawatan. Di antara peserta yang tidak dirawat di pusat tersebut, 15 (9,1%) memiliki kasus yang diduga secara klinis dan 31 (18,9%) memiliki kontak dengan kasus yang dikonfirmasi. Sembilan puluh tiga (56,7%) peserta adalah laki-laki, dan usia rata-rata (± SD) peserta adalah 31,10 (± 11,82) tahun.
Dalam studi ini, rasio positif dan negatif dari empat tes untuk COVID-19 ditentukan. Dengan demikian, rasio positif dari uji Abbott SARS-CoV-2, uji Daan Gene 2019-nCoV, uji SARS-CoV-2 BGI, dan uji Sansure Biotech 2019-nCoV masing-masing adalah 59,1%, 58,5%, 57,9%, dan 55,5%. Skor standar referensi komposit (CRS) positif dan negatif masing-masing adalah 97 (59,1%) dan 67 (40,9%) (Tabel 1). Dalam studi ini, definisi CRS didasarkan pada aturan "setiap positif", di mana dari empat hasil tes, dua atau lebih hasil tes yang memberikan hasil yang sama dianggap benar-benar positif atau negatif.
Dalam studi ini, kami menemukan persentase persetujuan negatif (NPA) sebesar 100% (95% CI 94,6–100) untuk semua analisis dibandingkan dengan CRS. Analisis Sansure Biotechnology menunjukkan PPA minimal sebesar 93,8% (95% CI 87,2–97,1) dan analisis Daan Gene 2019-nCoV memiliki persetujuan keseluruhan sebesar 99,4% (95% CI 96,6–99,9). Sebaliknya, persetujuan keseluruhan antara uji BGI SARS-CoV-2 dan uji 2019-nCoV Sansure Biotech masing-masing adalah 98,8% dan 96,3% (Tabel 2).
Koefisien kesesuaian kappa Cohen antara hasil uji CRS dan Abbott SARS-CoV-2 sepenuhnya konsisten (K = 1,00). Demikian pula, nilai kappa Cohen yang dideteksi oleh Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, dan Sansure Biotech 2019-nCoV juga sepenuhnya konsisten dengan CRS (K ≥ 0,925). Dalam analisis perbandingan ini, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech 2019-nCoV berbeda secara signifikan dari hasil CRS (p = 0,031) (Tabel 2).
Seperti yang ditunjukkan pada Gambar.1 Persentase nilai Ct terendah (< 20 Ct) uji Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) sebesar 87,6% dan nilai Ct gen ORF1a/b uji Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan persentase nilai Ct rendah (< 20 Ct) sebesar 50,3% dan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) sebesar 3,2%. 1 Persentase nilai Ct terendah (< 20 Ct) uji Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) sebesar 87,6% dan nilai Ct gen ORF1a/b uji Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan persentase nilai Ct rendah (< 20 Ct) sebesar 50,3% dan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) sebesar 3,2%.Seperti yang ditunjukkan pada Gambar.1, peningkatan jumlah Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp dan N) 87,6%, dan значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, dan высокое значение Ct (36–40 Ct) rata-rata 3,2%. 1, persentase nilai Ct terendah (< 20 Ct) analisis Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) adalah 87,6%, dan nilai Ct analisis gen ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan bahwa persentase nilai Ct rendah (< 20 Ct) mencapai 50,3%, dan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) mencapai 3,2%.1%,Abbott SARS-CoV-2 2%(RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct)为87.6%,Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36–40 Ct) persentasenya 3,2%。 Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1, persentase nilai Ct terendah (< 20 Ct) dari uji Abbott SARS-CoV-2 (kombinasi gen RdRp dan N) adalah 87,6%, nilai Ct gen ORF1a/b dari uji Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan persentase Ct yang rendah (< 20 Ct) yaitu 50,3%, dan persentase Ct sedang (36–40 Ct) yaitu 3,2%. Seperti yang terjadi pada kasus 1, analisis Abbott SARS-CoV-2 (penyebab utama RdRp dan N) dan tidak ada solusi lain значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, dan значение Ct гена ORF1a/b di исследовании Sansure Biotech 2019- Analisis nCoV показал низкий Ct. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1, pengujian Abbott SARS-CoV-2 (menggabungkan gen RdRp dan N) memiliki nilai Ct persentase terendah (< 20 Ct) sebesar 87,6%, sedangkan nilai Ct gen ORF1a/b dalam studi Sansure Biotech 2019 – Analisis nCoV menunjukkan Ct yang rendah. Tingginya volume (< 20 Kt) sebesar 50,3%, dan peningkatan sebesar 3,2% Ct (36–40 Kt). Persentase nilai (< 20 Ct) adalah 50,3%, dan persentase nilai Ct tinggi (36–40 Ct) adalah 3,2%.Uji Abbott SARS-CoV-2 B mencatat nilai Ct di atas 30. Di sisi lain, pada uji BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b memiliki nilai Ct yang tinggi (> 36 Ct) persentasenya sebesar 4% (Gbr. 1). Di sisi lain, pada uji BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b memiliki nilai Ct yang tinggi (> 36 Ct) persentasenya sebesar 4% (Gbr. 1). Dengan kata lain, dalam analisis BGI SARS-CoV-2 dengan ORF1a/b dan nilai Ct (> 36 Ct), lebih tinggi biaya 4% (рис. 1). Di sisi lain, pada analisis BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b memiliki nilai Ct yang tinggi (>36 Ct) yang persentasenya sebesar 4% (Gbr. 1).另一方面,在BGI SARS-CoV-2 检测中,ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图1）。 Di sisi lain, dalam deteksi BGI SARS-CoV-2, persentase gen ORF1a/b dengan nilai Ct tinggi (>36 Ct) adalah 4% (Gambar 1). Dalam jumlah besar, dalam analisis BGI SARS-CoV-2 yang menghasilkan ORF1a/b dengan jumlah Ct (>36 Ct) sebesar 4% (рис. 1). Di sisi lain, dalam analisis BGI SARS-CoV-2, persentase gen ORF1a/b dengan nilai Ct tinggi (>36 Ct) adalah 4% (Gbr. 1).
Dalam penelitian ini, kami mengambil 164 sampel nasofaring. Untuk semua jenis pengujian, isolasi dan amplifikasi RNA dilakukan menggunakan metode dan kit yang direkomendasikan oleh masing-masing produsen.
Studi ini menunjukkan bahwa uji Abbott untuk SARS-CoV-2 memiliki kinerja deteksi yang sama dengan CRS, dengan 100% konkordansi positif, negatif, dan keseluruhan. Kesepakatan kappa Cohen adalah 1,00, yang menunjukkan kesepakatan penuh dengan CRS. Sebuah studi serupa oleh University of Washington di AS menemukan bahwa sensitivitas dan spesifisitas keseluruhan uji Abbott untuk SARS-CoV-2 masing-masing adalah 93% dan 100%, dibandingkan dengan uji yang ditentukan laboratorium (LDA) dari CDC. 11. Sistem deteksi SARS-CoV-2 Abbott didasarkan pada deteksi gabungan simultan gen N dan RdRp, karena kedua gen lebih sensitif, meminimalkan negatif palsu12. Sebuah studi di Vienna, Austria juga menunjukkan bahwa volume sampel ekstraksi yang besar dan volume eluen deteksi meminimalkan efek dilusi dan meningkatkan efisiensi deteksi13. Dengan demikian, kecocokan sempurna Abbott untuk pengujian SARS-CoV-2 dapat dikaitkan dengan sistem deteksi platform yang secara bersamaan mendeteksi gen kombinatorial, mengekstrak sejumlah besar sampel (0,5 ml), dan menggunakan sejumlah besar eluen (40 µl).
Hasil kami juga menunjukkan bahwa kinerja deteksi uji genetik Daan hampir sama dengan CRS. Hal ini konsisten dengan sebuah studi14 yang dilakukan di Universitas Anhui di Huainan, Tiongkok, dan klaim produsen tentang persetujuan positif 100%. Meskipun ada laporan hasil yang konsisten, satu sampel menunjukkan hasil negatif palsu setelah menguji ulang eluat yang sama, tetapi positif dalam uji Abbott SARS-CoV-2 dan Sansure Biotech nCoV-2019. Hal ini menunjukkan bahwa mungkin ada variabilitas dalam hasil di berbagai jenis uji. Namun demikian, dalam penelitian yang dilakukan di Cina15, hasil uji Gen Daan secara signifikan berbeda (p < 0,05) dibandingkan dengan uji referensi yang ditentukan di laboratorium. Namun demikian, dalam penelitian yang dilakukan di Cina15, hasil uji Gen Daan secara signifikan berbeda (p < 0,05) dibandingkan dengan uji referensi yang ditentukan di laboratorium. Saya tidak tahu, di tahun 15, saya menganalisis Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) dari yang lain analiza. Namun, dalam sebuah penelitian di Cina15, hasil analisis Daan Gene secara signifikan berbeda (p < 0,05) dari analisis referensi laboratorium mereka.然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）。然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测bisnis asuransi kesehatan <0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Namun, dalam sebuah penelitian di Cina15, hasil tes genetik Daan secara signifikan berbeda (p < 0,05) dibandingkan dengan tes laboratorium referensinya.Perbedaan ini mungkin disebabkan oleh sensitivitas uji referensi untuk mendeteksi SARS-CoV-2, dan penelitian lebih lanjut mungkin penting untuk menentukan penyebabnya.
Selain itu, penelitian kami mengevaluasi kinerja komparatif uji BGI SARS-CoV-2 dengan CRS, menunjukkan persentase kesepakatan positif yang sangat baik (PPA = 97,9%), persentase kesepakatan negatif (NPA = 100%), dan persentase kesepakatan keseluruhan berdasarkan jenis kelamin (OPA). ). = 98,8%). Nilai Kappa Cohen menunjukkan kesepakatan yang baik (K = 0,975). Studi di Belanda16 dan Cina15 telah menunjukkan hasil yang konsisten. Uji BGI SARS-CoV-2 adalah uji deteksi gen tunggal (ORF1a/b) menggunakan eluat amplifikasi/deteksi 10 µl. Meskipun ada kesepakatan statistik yang baik dengan hasil referensi kami, analisis tersebut melewatkan dua sampel positif (1,22%) dari total sampel. Ini dapat memiliki implikasi klinis yang sangat besar untuk dinamika penularan di tingkat pasien dan komunitas.
Analisis perbandingan lain yang disertakan dalam penelitian ini adalah uji Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); persentase kecocokan keseluruhan adalah 96,3%. Kekuatan kesesuaian juga ditentukan oleh nilai Kappa Cohen, yaitu 0,925, yang menunjukkan kesesuaian penuh dengan CRS. Sekali lagi, hasil kami identik dengan penelitian yang dilakukan di Central South University di Changsha, Tiongkok, dan di Departemen Laboratorium Klinis Rumah Sakit Rakyat Liuzhou, Kota Liuzhou, Tiongkok17. Meskipun konkordansi statistik yang baik di atas telah dicatat, uji chi-square (uji MacNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p < 0,005). Meskipun konkordansi statistik yang baik di atas telah dicatat, uji chi-square (uji MacNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p < 0,005). Tidak hanya itu, Anda juga perlu mengetahui statistik yang dapat diandalkan, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) Selain itu, analisis yang dilakukan oleh Sansure Biotech menunjukkan kontribusi yang signifikan terhadap CRS (p < 0,005). Meskipun kesepakatan statistik yang baik di atas telah dicatat, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p < 0,005).perusahaan farmasi, perusahaan MacNemar, perusahaan Sansure Biotech, perusahaan CRS相比具有统计学显着差异（p < 0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 , 但 检验 （（macnemar 检验 表明 , , sansure biotech 检测 结果 与 crs相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Tidak ada jaminan bahwa Anda dapat melakukan hal ini dengan benar (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) antara Sansure Biotech dan CRS. Meskipun terdapat kesepakatan statistik yang baik seperti disebutkan di atas, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan perbedaan yang signifikan secara statistik (p < 0,005) antara uji Sansure Biotech dan CRS.Enam sampel (3,66%) ditemukan negatif palsu dibandingkan dengan CRS (Tabel Tambahan 1); hal ini sangat penting, terutama mengingat dinamika penularan virus. Data di atas juga mendukung tingkat deteksi yang rendah ini15.
Dalam studi ini, nilai Ct ditentukan untuk setiap pengujian dan platform masing-masing, dengan nilai Ct rata-rata terendah dilaporkan dalam pengujian Abbott SARS-CoV-2. Hasil ini mungkin terkait dengan sistem pengujian genetik gabungan simultan Abbott untuk mendeteksi SARS-CoV-2. Oleh karena itu, menurut Gambar 1, 87,6% hasil SARS-CoV-2 Abbott memiliki nilai Ct di bawah 20. Hanya sejumlah kecil hasil sampel (12,4%) yang berada dalam kisaran 20-30. Nilai Ct di atas 30 tidak dicatat. Selain penggunaan format pengujian genetik panel SARS-CoV-2 oleh Abbott, hasil ini mungkin terkait dengan batas deteksi yang lebih rendah (32,5 salinan RNA/mL)18, yang tiga kali lebih rendah dari batas bawah perusahaan sebesar 100 salinan RNA/mL. ml)19.
Penelitian ini memiliki beberapa keterbatasan: pertama, kami tidak memiliki metode standar/referensi [seperti viral load atau tes laboratorium lainnya (LDA)] karena keterbatasan sumber daya. Kedua, semua spesimen yang digunakan dalam penelitian ini adalah usapan nasofaring, sedangkan hasilnya tidak berlaku untuk jenis spesimen lainnya, dan ketiga, ukuran sampel kami kecil.
Studi ini membandingkan kinerja empat uji rRT-PCR untuk SARS-CoV-2 menggunakan sampel nasofaring. Semua uji deteksi memiliki kinerja yang hampir sebanding, kecuali uji Sansure Biotech. Selain itu, tingkat positif yang rendah diidentifikasi dalam pengujian Sansure Biotech dibandingkan dengan CRS (p < 0,05). Selain itu, tingkat positif yang rendah diidentifikasi dalam pengujian Sansure Biotech dibandingkan dengan CRS (p < 0,05). Selain itu, Sansure Biotech juga menawarkan layanan yang dapat diterima oleh CRS (p < 0,05). Selain itu, uji Sansure Biotech menunjukkan persentase hasil positif yang rendah dibandingkan dengan CRS (p < 0,05).此外,与CRS 相比,Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外,与CRS 相比,Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Selain itu, Sansure Biotech juga telah menerima bantuan dari CRS (p < 0,05). Selain itu, pengujian Sansure Biotech memiliki tingkat positif yang lebih rendah dibandingkan dengan CRS (p < 0,05).Analisis Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) terhadap PPA, NPA, dan persetujuan keseluruhan melampaui 93,5% dengan nilai kekuatan persetujuan Cohen Kappa sebesar 0,925. Terakhir, Uji Biotek Sansure (RUO) memerlukan validasi lebih lanjut untuk digunakan di Ethiopia, dan penelitian tambahan harus dipertimbangkan untuk mengevaluasi klaim dari masing-masing produsen.
Desain studi komparatif dilakukan di empat fasilitas kesehatan di Addis Ababa, Rumah Sakit Eka Kotebe, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital, dan St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Data dikumpulkan antara tanggal 1 dan 31 Desember 2020. Fasilitas medis untuk studi ini sengaja dipilih berdasarkan jumlah kasus yang tinggi dan ketersediaan pusat perawatan utama di kota tersebut. Demikian pula, instrumen, termasuk instrumen PCR real-time ABI 7500 dan Abbott m2000, dipilih sesuai dengan rekomendasi produsen reagen NAAT, dan empat kit deteksi PCR dipilih untuk studi ini, karena sebagian besar laboratorium di Ethiopia menggunakan setidaknya empat di antaranya. Uji gen, uji Abbott SARS-CoV-2, uji Sansure Biotech, dan uji BGI SARS-CoV-2 yang dilakukan selama studi).
Pengujian untuk SARS-CoV-2 dilakukan dari tanggal 1 hingga 30 Desember 2020 menggunakan 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Tiongkok) dari individu yang sedang diselidiki untuk COVID-19 yang dirujuk ke EPHI. Sampel nasofaring dikumpulkan oleh pengumpul sampel yang terlatih dan dikirim ke EPHI dalam tiga paket. Sebelum isolasi asam nukleat, setiap sampel diberi nomor identifikasi yang unik. Ekstraksi dilakukan dari setiap sampel segera setelah tiba menggunakan metode ekstraksi manual dan otomatis. Jadi, untuk ekstraksi otomatis Abbott m2000, 1,3 ml (termasuk 0,8 ml volume mati dan 0,5 ml volume masuk ekstraksi) sampel diekstraksi dari setiap sampel dan dilewatkan melalui Sistem Persiapan Sampel DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, AS). ) Sebanyak 96 [92 sampel, dua kontrol deteksi, dan dua kontrol non-templat (NTC)] disertakan dalam keseluruhan proses (pengambilan dan deteksi) dua putaran penambangan SARS-CoV-2 (EUA) secara waktu riil. Demikian pula, untuk ekstraksi manual, gunakan sampel yang sama (untuk ekstraksi dan penemuan otomatis). Jadi, selama proses berlangsung, 140 sampel µl dialiquot dan diekstraksi menggunakan QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Jerman) dalam kelompok yang terdiri dari 24 (termasuk 20 sampel, dua kontrol pengujian, dan dua NTC) selama sembilan putaran. Eluat yang diekstraksi secara manual diperkuat dan dideteksi menggunakan siklus termal ABI 7500 menggunakan pengujian SARS-CoV-2 BGI, pengujian Daan Gene, dan pengujian Sansure Biotech.
Isolasi dan pemurnian otomatis RNA virus SARS-CoV-2 mengikuti prinsip manik magnetik menggunakan reagen persiapan sampel DNA Abbott. Inaktivasi sampel dan pelarutan partikel virus dilakukan menggunakan deterjen yang mengandung guanidin isothiocyanate untuk mendenaturasi protein dan menonaktifkan RNase. RNA kemudian dipisahkan dari protein dengan pemisahan fase padat menggunakan silika, yaitu garam guanidinium dan pH basa dari buffer lisis meningkatkan pengikatan asam nukleat ke silika (SiO2). Langkah pembilasan menghilangkan sisa protein dan kotoran untuk menghasilkan larutan yang jernih. RNA transparan diisolasi dari mikropartikel berbasis silika menggunakan medan magnet instrumen20,21. Di sisi lain, isolasi dan pemurnian RNA secara manual dilakukan dengan metode kolom putar menggunakan sentrifugasi sebagai pengganti dudukan magnetik dan pemisahan mikropartikel dari eluen.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) dilakukan sesuai dengan petunjuk pabrik pembuatnya, yang telah menerima EUA19,22 dari WHO dan FDA. Dalam protokol ini, inaktivasi sampel sebelum ekstraksi dilakukan dalam penangas air pada suhu 56 °C selama 30 menit. Setelah inaktivasi virus, ekstraksi asam nukleat dilakukan pada instrumen Abbott m2000 SP dari 0,5 ml VTM menggunakan sistem persiapan sampel DNA Abbott m2000. menurut pabrik pembuatnya. Amplifikasi dan deteksi dilakukan menggunakan instrumen Abbott m2000 RT-PCR, dan deteksi ganda dilakukan untuk gen RdRp dan N. ROX) dan VIC P (pewarna milik perusahaan) untuk penargetan dan deteksi kontrol internal, yang memungkinkan deteksi simultan dari kedua produk amplifikasi 19 .
Metode deteksi amplifikasi kit ini didasarkan pada teknologi RT-PCR satu langkah. Gen ORF1a/b dan N dipilih sebagai daerah yang dilestarikan oleh Daan Gene Technology untuk mendeteksi amplifikasi daerah target. Primer spesifik dan probe fluoresensi (probe gen N yang diberi label FAM, probe ORF1a/b yang diberi label VIC) telah dirancang untuk mendeteksi RNA SARS-CoV-2 dalam sampel. Eluen akhir dan campuran induk disiapkan dengan menambahkan 5 µl eluen ke dalam 20 µl campuran induk hingga volume akhir 25 µl. Amplifikasi dan deteksi dilakukan secara bersamaan pada instrumen PCR real-time ABI 750024.
Gen ORF1a/b dan N dideteksi menggunakan Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (deteksi PCR fluoresensi). Siapkan probe spesifik untuk setiap gen target dengan memilih saluran FAM untuk wilayah ORF1a/b dan saluran ROX untuk gen N. Pada kit uji ini, eluen dan reagen campuran utama ditambahkan sebagai berikut: siapkan 30 µl reagen campuran utama dan 20 µl sampel yang dielusi untuk deteksi/amplifikasi. PCR ABI 750025 waktu nyata digunakan untuk amplifikasi/deteksi.
Uji BGI SARS-CoV-2 adalah kit rRT-PCR fluoresensi real-time untuk diagnosis COVID-19. Wilayah target terletak di wilayah ORF1a/b genom SARS-CoV-2, yang merupakan metode deteksi gen tunggal. Selain itu, gen housekeeping manusia β-aktin adalah gen target yang diatur secara internal. Campuran induk disiapkan dengan mencampur 20 µl reagen campuran induk dan 10 µl sampel RNA yang diekstraksi dalam pelat sumur26. Instrumen PCR real-time kuantitatif fluoresensi ABI 7500 digunakan untuk amplifikasi dan deteksi. Semua amplifikasi asam nukleat, kondisi PCR untuk setiap pengujian, dan interpretasi hasil dilakukan sesuai dengan petunjuk produsen masing-masing (Tabel 3).
Dalam analisis perbandingan ini, kami tidak menggunakan metode standar referensi untuk menentukan persentase persetujuan (positif, negatif, dan keseluruhan) dan parameter perbandingan lainnya untuk keempat analisis. Setiap perbandingan uji dilakukan dengan CRS, dalam penelitian ini CRS ditetapkan oleh aturan "setiap positif" dan hasilnya ditentukan, bukan oleh satu tes, kami menggunakan setidaknya dua hasil tes yang cocok. Selain itu, dalam kasus penularan COVID-19, hasil negatif palsu lebih berbahaya daripada hasil positif palsu. Oleh karena itu, untuk mengatakan "positif" seakurat mungkin dari hasil CRS, setidaknya dua tes uji harus positif, yang berarti bahwa setidaknya satu hasil positif kemungkinan berasal dari uji EUA. Dengan demikian, dari empat hasil pengujian, dua atau lebih hasil pengujian yang memberikan hasil yang sama dianggap benar-benar positif atau negatif18,27.
Data dikumpulkan menggunakan formulir ekstraksi data terstruktur, entri data dan analisis dilakukan menggunakan perangkat lunak statistik Excel dan SPSS versi 23.0 untuk statistik deskriptif. Persentase kesesuaian positif, negatif, dan keseluruhan dianalisis, dan skor Kappa digunakan untuk menentukan tingkat kesesuaian setiap metode dengan CRS. Nilai Kappa diinterpretasikan sebagai berikut: 0,01 hingga 0,20 untuk kesesuaian ringan, 0,21 hingga 0,40 untuk kesesuaian umum, 0,41-0,60 untuk kesesuaian sedang, 0,61-0,80 untuk kesesuaian utama, dan 0,81-0,99 untuk kesesuaian lengkap28.
Izin etik diperoleh dari Universitas Addis Ababa dan semua protokol eksperimen untuk penelitian ini disetujui oleh Dewan Peninjau Etika Ilmiah Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia. Nomor referensi untuk Lisensi Etika EPHI adalah EPHI/IRB-279-2020. Semua metode diterapkan sesuai dengan rekomendasi dan ketentuan Pedoman Komprehensif Nasional Ethiopia untuk Pengobatan COVID-19. Selain itu, persetujuan tertulis diperoleh dari semua peserta penelitian sebelum berpartisipasi dalam penelitian.
Semua data yang diperoleh atau dianalisis dalam penelitian ini disertakan dalam artikel yang diterbitkan ini. Data yang mendukung hasil penelitian ini tersedia dari masing-masing penulis atas permintaan yang wajar.
Organisasi Kesehatan Dunia. Rekomendasi untuk Strategi Pengujian Laboratorium untuk COVID-19: Panduan Sementara, 21 Maret 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis cerdas COVID-19 di Departemen Gawat Darurat: Semua dalam Praktik. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis cerdas COVID-19 di Departemen Gawat Darurat: Semua dalam Praktik.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. dan Gurgulianis, KI Diagnosis cerdas COVID-19 di unit gawat darurat: segala sesuatunya dalam praktik.Muliou DS, Pantazopoulos I. dan Gurgulyanis KI Diagnosis cerdas COVID-19 di unit gawat darurat: integrasi menyeluruh dalam praktik. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi uji COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi uji COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL dan St. George, K. Evaluasi uji COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL dan St. George K. Evaluasi uji COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Deteksi laboratorium penyakit virus korona 2019 (COVID-19) pada dugaan penyakit manusia. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (diakses 15 Agustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis COVID-19: Penyakit dan Alat Pengujian. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. dkk. Pendirian College of Pathologists of Eastern, Central and Southern Africa – Regional School of Pathology of the Middle East and South Africa. Afrika. J. Lab. kedokteran. 9(1), 1-8 (2020).
Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia, Kementerian Kesehatan Federal. Strategi dan Panduan Nasional Sementara untuk Diagnosis Laboratorium COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (diakses pada 12 Agustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tes negatif palsu untuk tantangan dan implikasi infeksi SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tes negatif palsu untuk tantangan dan implikasi infeksi SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim AS Tes negatif palsu untuk infeksi SARS-CoV-2 dan konsekuensinya.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim AS Tes negatif palsu untuk provokasi dan dampak infeksi SARS-CoV-2. N. eng. J. Kedokteran. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 positif palsu dan negatif palsu: Strategi pencegahan dan manajemen pernapasan, vaksinasi, dan perspektif lebih lanjut. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 positif palsu dan negatif palsu: Strategi pencegahan dan manajemen pernapasan, vaksinasi, dan perspektif lebih lanjut. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные dan ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация dan дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus positif palsu dan negatif palsu COVID-19: strategi pencegahan dan pengobatan pernapasan, vaksinasi dan jalan ke depan.Muliu, DS dan Gurgulianis, KI Kasus COVID-19 positif palsu dan negatif palsu: strategi pencegahan dan pengobatan pernapasan, vaksinasi, dan jalan ke depan. Ahli Respire. kedokteran. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di unit gawat darurat: Melihat pohon tetapi kehilangan hutan. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di unit gawat darurat: Melihat pohon tetapi kehilangan hutan.Mouliou, DS, Ioannis, P. dan Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di Unit Gawat Darurat: Lihat Pohonnya, Hilangkan Hutannya.Muliou DS, Ioannis P., dan Konstantinos G. Diagnosis COVID-19 di Ruang Gawat Darurat: Tidak Cukup Hutan untuk Pepohonan. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. dkk. Validasi dan Validasi Kinerja Analisis dan Klinis Uji Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari daerah genom COVID-19 yang berbeda untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari berbagai daerah genom COVID-19 untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. dan Aflatunyan, B. Perbandingan lima set primer dari berbagai wilayah genom COVID-19 untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19 pemeriksaan laboratorium RT-PCR dan RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan 5 wilayah genetik COVID-19 yang berbeda untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. dan Aflatunyan B. Perbandingan lima set primer dari berbagai wilayah genom COVID-19 untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional.Iran. J. Mikrobiologi. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. dkk. Hasil awal program penilaian kualitas eksternal nasional untuk mendeteksi urutan genom SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Evaluasi Analitik Kemanjuran Lima Kit RT-PCR untuk Sindrom Pernapasan Akut Berat Coronavirus 2. J. Klinis. laboratorium. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. dkk. Evaluasi tujuh kit deteksi RNA SARS-CoV-2 yang tersedia secara komersial di Tiongkok berdasarkan reaksi berantai polimerase (PCR) waktu nyata. klinis. kimia. laboratorium. kedokteran. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB dkk. Perbandingan tujuh kit diagnostik COVID-19 RT-PCR komersial. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, dkk. Perbandingan kinerja diagnostik dua kit PCR untuk mendeteksi asam nukleat SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, dll. Sebuah studi perbandingan empat platform pengujian amplifikasi asam nukleat (NAAT) SARS-CoV-2 menunjukkan bahwa kinerja ID NOW menurun secara signifikan tergantung pada pasien dan jenis sampel. diagnosis. mikrobiologi. Infeksi. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molekul Abbott. Sisipan paket analisis SARS-CoV-2 waktu nyata Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Per 10 Agustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. Isolasi RNA SARS-CoV-2 menggunakan manik-manik magnetik untuk deteksi skala besar yang cepat dengan RT-qPCR dan RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).