Kinerja empat uji amplifikasi asam nukleat untuk mengidentifikasi SARS-COV-2 di Ethiopia

Terima kasih telah mengunjungi Nature.com. Anda menggunakan versi browser dengan dukungan CSS terbatas. Untuk pengalaman terbaik, kami menyarankan Anda menggunakan browser yang diperbarui (atau menonaktifkan mode kompatibilitas di Internet Explorer). Selain itu, untuk memastikan dukungan yang berkelanjutan, kami menampilkan situs tanpa gaya dan javascript.
Menampilkan korsel tiga slide sekaligus. Gunakan tombol sebelumnya dan berikutnya untuk bergerak melalui tiga slide sekaligus, atau gunakan tombol slider di ujung untuk bergerak melalui tiga slide sekaligus.
Sejak wabah 2019 Coronavirus Disease (COVID-19), banyak uji amplifikasi asam nukleat komersial (NAAT) telah dikembangkan di seluruh dunia dan telah menjadi tes standar. Meskipun beberapa tes dikembangkan dengan cepat dan diterapkan pada tes diagnostik laboratorium, kinerja tes ini belum dievaluasi dalam berbagai pengaturan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja Abbott SARS-COV-2, Daan Gene, BGI, dan Sansure Biotech uji menggunakan Standar Referensi Komposit (CRS). Studi ini dilakukan di Ethiopian Public Health Institute (EPHI) dari 1 hingga 30 Desember 2020. 164 sampel nasofaringeal diekstraksi menggunakan kit mini Qiaamp RNA dan sistem persiapan sampel Abbott DNA. Dari 164 spesimen, 59,1% positif dan 40,9% negatif untuk CRS. Sansure Biotech Positivity secara signifikan rendah dibandingkan dengan CRS (P <0,05). Sansure Biotech Positivity secara signifikan rendah dibandingkan dengan CRS (P <0,05). Положительные рлльтаты Sansure Biotech ыыли значительно ниже по сравнению с crs (p <0,05). Hasil positif Sansure Biotech secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan CRS (P <0,05).与 CRS 相比 Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05 ）。与 CRS 相比 Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05 ）。 Уsure biotech ыыло значительно менше положительных р рльтатов п с сutu crs (p <0,05). Sansure Biotech memiliki hasil positif secara signifikan lebih sedikit dibandingkan dengan CRS (p <0,05).Kesepakatan keseluruhan dari empat analisis adalah 96,3–100% dibandingkan dengan CRS. Selain tingkat positif rendah dari uji biotek sansure, kinerja empat tes hampir sebanding. Dengan demikian, uji Sansure Biotech [Research Only (RUO)] memerlukan validasi tambahan untuk penggunaannya di Ethiopia. Akhirnya, penelitian tambahan harus dipertimbangkan untuk mengevaluasi tes dengan klaim pabrikan yang tepat.
Tes Laboratorium adalah bagian dari Rencana Strategis Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) untuk Kesiapsiagaan dan Respons Penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19) (SPRP). Yang menyarankan agar negara -negara perlu membangun kapasitas laboratorium untuk meningkatkan kesiapsiagaan, manajemen kasus yang tepat, kewaspadaan dan respons cepat terhadap tantangan kesehatan masyarakat. Ini menunjukkan bahwa peran laboratorium adalah kunci untuk mengkarakterisasi penyakit dan epidemiologi agen menular yang muncul dan mengendalikan penyebarannya.
Diagnosis COVID-19 membutuhkan informasi epidemiologis dan medis, gejala/tanda pribadi, dan data radiografi dan laboratorium2. Sejak wabah COVID-19 dilaporkan di Wuhan, Cina, banyak uji amplifikasi asam nukleat komersial (NAAT) telah dikembangkan di seluruh dunia. Real real-time reverse transcription polymerase chain reaction (RRT-PCR) telah digunakan sebagai metode rutin dan standar untuk diagnosis laboratorium dari infeksi sindrom pernapasan akut 2 (SARS-COV-2) 3. Deteksi molekuler SARS-COV-2 biasanya didasarkan pada N (gen protein nukleokapsid), gen protein E (gen amplop), dan gen RNA RNA polimerase yang bergantung pada RDRP (RNA-dependent RNA polimerase) dalam ORF1A/B (bingkai pembacaan terbuka 1A/B). gen) wilayah yang diidentifikasi dari genom virus. Mereka dianggap sebagai daerah yang dilestarikan utama yang ditemukan dalam genom virus untuk pengenalan virus4. Di antara gen -gen ini, gen RDRP dan E memiliki sensitivitas deteksi analitik yang tinggi, sedangkan gen N memiliki sensitivitas analitik yang rendah5.
Kinerja uji PCR dapat bervariasi tergantung pada berbagai faktor seperti: reagen ekstraksi, reagen amplifikasi/deteksi, metode ekstraksi, kualitas mesin PCR dan instrumen lainnya. Pada April 2020, lebih dari 48 perangkat diagnostik yang berbeda dari sembilan negara telah menerima otorisasi penggunaan darurat (EUA) untuk diagnostik COVID-196. Di Ethiopia, lebih dari 14 platform PCR real-time digunakan untuk deteksi PCR SARS-COV-2 di 26 lembaga kesehatan masyarakat, termasuk ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 dan Quant-Studio7. Selain itu, berbagai kit uji PCR tersedia, seperti uji gen daan, uji Abbott SARS-COV-2, tes bioteknan sansure, dan uji BGI SARS-COV-2. Meskipun RRT-PCR sangat sensitif, beberapa pasien dengan COVID-19 melaporkan hasil negatif palsu karena salinan asam ribonukleat virus yang tidak memadai dalam sampel karena pengumpulan, transportasi, penyimpanan dan penanganan, dan pengujian laboratorium yang tidak tepat. kondisi dan tindakan personel8. Selain itu, contoh penanganan sampel atau kontrol, pengaturan ambang batas siklus (CT), dan reaktivitas silang dengan asam nukleat patogen lainnya atau RNA SARS-COV-2 yang tidak aktif/residual dapat menyebabkan hasil positif palsu dalam uji RRT-PCR9. Dengan demikian, jelas bahwa tes PCR memang dapat mengidentifikasi pembawa fragmen gen, karena mereka bahkan tidak dapat membedakan antara gen virus yang benar -benar aktif, sehingga tes hanya dapat mengidentifikasi operator dan bukan pasien10. Oleh karena itu, penting untuk menilai kinerja diagnostik menggunakan metode standar dalam pengaturan kami. Meskipun banyak reagen NAAT tersedia di Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia (EPHI) dan di seluruh negeri, belum ada evaluasi komparatif dari efektivitasnya yang telah dilaporkan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja komparatif kit yang tersedia secara komersial untuk mendeteksi SARS-COV-2 oleh RRT-PCR menggunakan spesimen klinis.
Sebanyak 164 peserta dengan dugaan COVID-19 dimasukkan dalam penelitian ini. Mayoritas sampel berasal dari pusat pengobatan (118/164 = 72%), sedangkan 46 (28%) peserta sisanya berasal dari pusat non-perawatan. Di antara peserta yang tidak dirawat di pusat, 15 (9,1%) secara klinis diduga kasus dan 31 (18,9%) memiliki kontak kasus yang dikonfirmasi. Sembilan puluh tiga (56,7%) peserta adalah laki-laki, dan usia rata-rata (± SD) peserta adalah 31,10 (± 11,82) tahun.
Dalam penelitian ini, tingkat positif dan negatif dari empat tes untuk COVID-19 ditentukan. Dengan demikian, tingkat positif dari uji Abbott SARS-COV-2, uji Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI uji, dan Sansure Biotech 2019-NCOV uji masing-masing adalah 59,1%, 58,5%, 57,9% dan 55,5%. Skor standar referensi komposit positif dan negatif (CRS) adalah 97 (59,1%) dan 67 (40,9%), masing -masing (Tabel 1). Dalam penelitian ini, definisi CRS didasarkan pada aturan "apa pun positif", di mana dari empat hasil tes, dua atau lebih hasil tes yang memberikan hasil yang sama dianggap benar positif atau negatif.
Dalam penelitian ini, kami menemukan Perjanjian Persentase Negatif (NPA) 100% (95% CI 94,6-100) untuk semua analisis dibandingkan dengan CRS. Analisis bioteknologi sansure menunjukkan PPA minimal 93,8% (95% CI 87.2-97.1) dan analisis Daan Gene 2019-NCOV memiliki kesepakatan keseluruhan 99,4% (95% CI 96.6-99.9). Sebaliknya, kesepakatan keseluruhan antara uji BGI SARS-COV-2 dan uji Sansure Biotech 2019-NCOV adalah 98,8% dan 96,3%, masing-masing (Tabel 2).
Koefisien kesepakatan Kappa Cohen antara CRS dan hasil uji Abbott SARS-COV-2 sepenuhnya konsisten (k = 1,00). Demikian pula, nilai-nilai Kappa Cohen yang terdeteksi oleh Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI, dan Sansure Biotech 2019-NCOV juga sepenuhnya konsisten dengan CRS (K ≥ 0,925). Dalam analisis komparatif ini, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech 2019-NCOV secara signifikan berbeda dari hasil CRS (p = 0,031) (Tabel 2).
Seperti yang ditunjukkan pada Gambar.1 Persentase nilai CT terendah (<20 ct) dari uji Abbott SARS-COV-2 (kombinasi gen RDRP dan N) adalah 87,6% dan nilai gen CT ORF1A/B dari uji Sansure Biotech 2019-NCOV menunjukkan bahwa persentase nilai CT rendah (<20 CT) adalah 50,3%. Nilai CT Tinggi. 1 Persentase nilai CT terendah (<20 ct) dari uji Abbott SARS-COV-2 (kombinasi gen RDRP dan N) adalah 87,6% dan nilai gen CT ORF1A/B dari uji Sansure Biotech 2019-NCOV menunjukkan bahwa persentase nilai CT rendah (<20 CT) adalah 50,3%. Nilai CT Tinggi.Seperti yang ditunjukkan pada Gambar.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) анализа abbott sars-cov-2 (комбированый € eka, е 2, е-е е е е е00 usia, е-е е е е е00 е и и и и00 е и и и00 е и и и и00 е и и и и00 е и и и00 е и и и и00 к и и и и00 к и и и00 к и и и и00 к и KAN, Orf1a/b анализа sansure biotech 2019-ncov показало что процент низко значения (<20 ct) составл .. 3%, а ы с с с ы ы 2 к ы ы ы з 2 зз с з з ы з з 2 3 36 составmati 3,2%. 1, persentase analisis Nilai CT terendah (<20 ct) Abbott SARS-COV-2 (kombinasi gen RDRP dan N) adalah 87,6%, dan nilai CT dari Analisis Gen ORF1A/B dari CT Sansure 2019-NCOV, dan persentase Nilai CT rendah (<20 CT) untuk 50.3%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87.6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 As shown in Figure 1, the lowest Ct value percentage (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 test (combination of RdRp and N gene) is 87.6%, the ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV test shows low Ct值(< 20 Ct) 的 percentage is 50.3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的 percentage is 3,2%. Как показано на рннке 1, анализ abbott sars-cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) и ... cte з н з и00 и и и и00 и и и и00 и и и и и00 и и и и00 и и и и и00 и и и и и00 и и и и и00 и и и и и00 и и и и и и00) разере 87,6%, аначение ct гена orf1a/b В иследовании sansure biotech 2019- анализ ncov показал нкий ct. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1, uji Abbott SARS-COV-2 (menggabungkan gen RDRP dan N) memiliki nilai persentase CT terendah (<20 ct) pada 87,6%, sedangkan nilai CT dari gen ORF1A/B dalam studi Sansure Biotech 2019-analisis NCOV menunjukkan CT rendah. Процент значений (<20 ct) состав masuk 50,3%, а поцент Выыоких значений ct (36–40 ct) состав masuk 3.2%. Persentase nilai (<20 ct) adalah 50,3%, dan persentase nilai CT tinggi (36-40 ct) adalah 3,2%.Tes Abbott SARS-COV-2 B mencatat nilai CT di atas 30. Di sisi lain, pada gen BGI SARS-COV-2, gen ORF1A/B memiliki nilai CT tinggi (> 36 ct) persentase adalah 4% (Gbr. 1). Di sisi lain, pada gen BGI SARS-COV-2, gen ORF1A/B memiliki nilai CT tinggi (> 36 ct) persentase adalah 4% (Gbr. 1). С дрой стороны, В анализе bGi Sars-cov-2 г, orf1a/b иел Выыокок/значение ct (> 36 ct), прццннчччч кзч кзч к). Di sisi lain, dalam analisis gen BGI SARS-COV-2 ORF1A/B memiliki nilai CT tinggi (> 36 ct), persentase di antaranya adalah 4% (Gbr. 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值（> 36 CT ）的百分比为 4%（图 1 ）。 Di sisi lain, dalam deteksi BGI SARS-COV-2, persentase gen ORF1A/B dengan nilai CT tinggi (> 36 ct) adalah 4% (Gambar 1). С дрой стороны, в анализе bgi-cov-2 поцент генов orf1a/b с ы ысоки значения р) (> 36 ct) сосancing значенandi. Di sisi lain, dalam analisis BGI SARS-COV-2, persentase gen ORF1A/B dengan nilai CT tinggi (> 36 ct) adalah 4% (Gbr. 1).
Dalam penelitian ini, kami mengambil 164 sampel nasofaring. Untuk semua jenis pengujian, isolasi dan amplifikasi RNA dilakukan dengan menggunakan metode dan kit yang direkomendasikan oleh produsen masing -masing.
Studi ini menunjukkan bahwa tes Abbott untuk SARS-COV-2 memiliki kinerja deteksi yang sama dengan CRS, dengan 100% positif, negatif, dan kesesuaian keseluruhan. Perjanjian Kappa Cohen adalah 1,00, menunjukkan perjanjian penuh dengan CRS. Studi serupa oleh University of Washington di AS menemukan bahwa sensitivitas dan spesifisitas keseluruhan uji Abbott untuk SARS-COV-2 masing-masing adalah 93% dan 100%, dibandingkan dengan uji laboratorium yang ditentukan (LDA) dari CDC. 11. Sistem deteksi Abbott SARS-COV-2 didasarkan pada deteksi kombinasi gen N dan RDRP secara simultan, karena kedua gen lebih sensitif, meminimalkan negatif palsu12. Sebuah studi di Wina, Austria juga menunjukkan bahwa volume sampel ekstraksi besar dan volume eluen deteksi meminimalkan efek pengenceran dan peningkatan efisiensi deteksi13. Dengan demikian, kecocokan sempurna Abbott untuk uji SARS-COV-2 dapat dikaitkan dengan sistem deteksi platform yang secara bersamaan mendeteksi gen kombinatorial, mengekstrak sejumlah besar sampel (0,5 mL), dan menggunakan sejumlah besar eluen (40 μL).
Hasil kami juga menunjukkan bahwa kinerja deteksi tes genetik Daan hampir sama dengan CRS. Ini konsisten dengan studi14 yang dilakukan di Universitas Anhui di Huainan, Cina, dan klaim produsen atas kesepakatan positif 100%. Meskipun ada laporan tentang hasil yang konsisten, satu sampel adalah negatif palsu setelah menguji ulang eluat yang sama, tetapi positif dalam uji Abbott SARS-COV-2 dan Sansure Biotech NCOV-2019. Ini menunjukkan bahwa mungkin ada variabilitas dalam hasil di berbagai jenis pengujian. Namun demikian, dalam penelitian yang dilakukan di China15, hasil uji gen Daan secara signifikan berbeda (p <0,05) dibandingkan dengan uji referensi yang ditentukan laboratorium. Namun demikian, dalam penelitian yang dilakukan di China15, hasil uji gen Daan secara signifikan berbeda (p <0,05) dibandingkan dengan uji referensi yang ditentukan laboratorium. И и иследовании, проведенно orang кит dari Gene зна) (p зна) зна) зна, p зна) (ооч: оочочичз - оочочнаilan оочнал оочнал о00 оочнал оAN оочн - оочнал оAN оочн: оочочнаilan оочочнаilan оочнал оAN оочнал оAN оочнал оAN оочнал оAN оочнал оAN оочнал KAN оочна Tetapi лабораторно§о эталонно A анализа. Namun, dalam sebuah penelitian di China15, hasil analisis gen Daane secara signifikan berbeda (p <0,05) dari analisis referensi laboratorium mereka.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0,05 ）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако В иследовании, проведеннно secara витае15, р з_ьт знанетическо т з - p <она з: ззна з: з - p <она, p <она, p <она, p <она, з з з00 з з з з00 (PITь0 з з з з00 (PITь з з з з з00 (озз з з з00 з з з з00 (з. савнению с с эталонны лораторны тестом. Namun, dalam sebuah penelitian di China15, hasil uji genetik Daan secara signifikan berbeda (p <0,05) dibandingkan dengan uji laboratorium referensi.Perbedaan ini mungkin disebabkan oleh sensitivitas tes referensi untuk mendeteksi SARS-COV-2, dan studi lebih lanjut mungkin penting untuk menentukan penyebabnya.
Selain itu, penelitian kami mengevaluasi kinerja komparatif uji BGI SARS-COV-2 dengan CRS, menunjukkan perjanjian persentase positif yang sangat baik (PPA = 97,9%), Perjanjian Persentase Negatif (NPA = 100%), dan Perjanjian Persentase Keseluruhan berdasarkan Jenis Kelamin (OPA). ). = 98,8%). Nilai Kappa Cohen menunjukkan kesepakatan yang baik (k = 0,975). Studi di Belanda16 dan China15 telah menunjukkan hasil yang konsisten. Tes SARS-COV-2 BGI adalah uji deteksi gen (ORF1A/B) tunggal menggunakan 10 μL amplifikasi/deteksi eluat. Meskipun kesepakatan statistik yang baik dengan hasil referensi kami, analisis tersebut melewatkan dua sampel positif (1,22%) dari total sampel. Ini dapat memiliki implikasi klinis yang sangat besar untuk dinamika transmisi baik di tingkat pasien dan masyarakat.
Analisis komparatif lain yang termasuk dalam penelitian ini adalah uji Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Persentase pertandingan keseluruhan adalah 96,3%. Kekuatan perjanjian juga ditentukan oleh nilai Kappa Cohen, yang 0,925, menunjukkan kesepakatan penuh dengan CRS. Sekali lagi, hasil kami identik dengan studi yang dilakukan di Central South University di Changsha, Cina, dan di Departemen Laboratorium Klinis Rumah Sakit Rakyat Liuzhou, Liuzhou City, China17. Meskipun konkordansi statistik yang baik di atas dicatat, uji chi-square (uji MacNemar) menunjukkan bahwa hasil uji biotek sansure memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p <0,005). Meskipun konkordansi statistik yang baik di atas dicatat, uji chi-square (uji MacNemar) menunjukkan bahwa hasil uji biotek sansure memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p <0,005). Неот Juli на т, что было зафиксиilat (критерий макнемара) показал, что рллтат анализа sansure biotech иеенничаilan значне рарочичочне рнарчарutu ззччччutu зззч cr зарчч зарч cr зарч cr зарчail изз cr cr зарарарарарenda 0,005). Meskipun perjanjian statistik yang baik di atas dicatat, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan bahwa hasil uji biotek sansure memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ macnemar 检验）表明 ， sansure biotech 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异（ p <0,005 ）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（ macnemar 检验 ， ， ， Sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（ p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Неот Juli н отмечннное Выше хороше статисresi статистически значим рниц (p <0,005) между аализом Sansure biotech и crs. Terlepas dari perjanjian statistik yang baik yang disebutkan di atas, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan perbedaan yang signifikan secara statistik (p <0,005) antara uji biotek sansure dan CRS.Enam sampel (3,66%) ditemukan negatif palsu dibandingkan dengan CRS (Tambahan Tabel 1); Ini sangat penting, terutama mengingat dinamika penularan virus. Data di atas juga mendukung tingkat deteksi rendah ini15.
Dalam penelitian ini, nilai CT ditentukan untuk setiap uji dan platform masing-masing, dengan nilai CT rata-rata terendah yang dilaporkan dalam uji Abbott SARS-COV-2. Hasil ini mungkin terkait dengan sistem pengujian genetik gabungan Abbott yang simultan untuk mendeteksi SARS-COV-2. Oleh karena itu, menurut Gambar 1, 87,6% hasil Abbott SARS-COV-2 memiliki nilai CT di bawah 20. Hanya sejumlah kecil hasil sampel (12,4%) yang berada dalam kisaran 20-30. Nilai CT di atas 30 tidak direkam. Selain penggunaan Format Pengujian Genetik Panel SARS-COV-COV-2 Abbott, hasil ini mungkin terkait dengan batas deteksi yang lebih rendah (32,5 salinan RNA/mL) 18, yang tiga kali lebih rendah dari batas bawah perusahaan 100 RNA Copy/mL. ml) 19.
Studi ini memiliki beberapa keterbatasan: Pertama, kami tidak memiliki metode standar/referensi [seperti viral load atau tes laboratorium lainnya (LDA)] karena kurangnya sumber daya. Kedua, semua spesimen yang digunakan dalam penelitian ini adalah usap nasofaring, sedangkan hasilnya tidak berlaku untuk jenis spesimen lainnya, dan ketiga, ukuran sampel kami kecil.
Studi ini membandingkan kinerja empat tes RRT-PCR untuk SARS-COV-2 menggunakan sampel nasofaring. Semua uji deteksi memiliki kinerja yang hampir sebanding, dengan pengecualian uji biotek sansure. Selain itu, tingkat kepositifan yang rendah diidentifikasi dalam uji biotek sansure dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Selain itu, tingkat kepositifan yang rendah diidentifikasi dalam uji biotek sansure dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Selain itu, tes biotek sansure menunjukkan persentase hasil positif yang rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05).此外 ， 与 CRS 相比 Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。此外 ， 与 CRS 相比 Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Selain itu, uji biotek sansure memiliki tingkat kepositifan yang lebih rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05).Analisis Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) dari PPA, NPA dan keseluruhan perjanjian melebihi 93,5% dengan kekuatan Cohen Kappa nilai perjanjian 0,925. Akhirnya, Sansure Biotech Assay (RUO) membutuhkan validasi lebih lanjut untuk digunakan di Ethiopia, dan penelitian tambahan harus dipertimbangkan untuk mengevaluasi klaim dari produsen individu.
Desain studi perbandingan dilakukan di empat fasilitas kesehatan di Addis Ababa, Rumah Sakit Eka Kotebe, Pusat Perawatan Gereja Milenium, Rumah Sakit Memorial Zewooditu, dan Rumah Sakit Spesialis Tuberkulosis St. Peter. Data dikumpulkan antara 1 dan 31 Desember 2020. Fasilitas medis untuk penelitian ini sengaja dipilih berdasarkan jumlah kasus mereka yang tinggi dan ketersediaan pusat perawatan utama di kota. Demikian pula, instrumen, termasuk instrumen PCR real-time ABI 7500 dan Abbott M2000, dipilih sesuai dengan rekomendasi produsen reagen NAAT, dan empat kit deteksi PCR dipilih untuk penelitian ini, karena sebagian besar laboratorium di Ethiopia yang menggunakan setidaknya empat di antaranya. Tes Gen, Tes Abbott SARS-COV-2, Tes Biotech Sansure, dan Tes BGI SARS-COV-2 dilakukan selama penelitian).
Pengujian untuk SARS-COV-2 dilakukan dari 1 hingga 30 Desember 2020 menggunakan 3 mL media transportasi virus (VTM) (Teknologi Miraclean, Shenzhen, Cina) dari individu yang sedang diselidiki untuk COVID-19 yang dirujuk ke EPHI. Sampel nasofaring dikumpulkan oleh kolektor sampel terlatih dan dikirim ke EPHI dalam paket triple. Sebelum isolasi asam nukleat, setiap sampel diberi nomor identifikasi yang unik. Ekstraksi dilakukan dari setiap sampel segera pada saat kedatangan menggunakan metode ekstraksi manual dan otomatis. Dengan demikian, untuk ekstraksi otomatis Abbott M2000, 1,3 mL (termasuk volume mati 0,8 mL dan volume saluran masuk ekstraksi 0,5 mL) dari sampel diekstraksi dari masing -masing sampel dan melewati sistem persiapan sampel Abbott DNA (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA). ) Batch 96 [92 sampel, dua kontrol deteksi dan dua kontrol non-templat (NTC)] dimasukkan dalam proses keseluruhan (pengambilan dan deteksi) dari dua putaran SARS-COV-2 (EUA) secara real time. pertambangan. Demikian pula, untuk ekstraksi manual, gunakan sampel yang sama (untuk ekstraksi dan penemuan otomatis). Dengan demikian, sepanjang proses, 140 μl sampel dialikasikan dan diekstraksi menggunakan kit mini RNA qiaamp virus (Qiagen GmbH, Hilden, Jerman) dalam batch 24 (termasuk 20 sampel, dua kontrol pengujian dan dua NTC) selama sembilan putaran. Eluat yang diekstraksi secara manual diamplifikasi dan terdeteksi menggunakan pengendara sepeda termal ABI 7500 menggunakan uji BGI SARS-COV-2, uji gen daan, dan uji biotek sansure.
Isolasi otomatis dan pemurnian RNA virus SARS-COV-2 mengikuti prinsip manik magnetik menggunakan reagen persiapan sampel Abbott DNA. Inaktivasi sampel dan pelarutan partikel virus dilakukan dengan menggunakan deterjen yang mengandung guanidine isothiocyanate untuk mendenaturasi protein dan menonaktifkan RNase. RNA kemudian dipisahkan dari protein dengan pemisahan fase padat menggunakan silika, yaitu garam guanidinium dan pH alkali buffer lisis meningkatkan pengikatan asam nukleat ke silika (SiO2). Langkah pembilasan menghilangkan sisa protein dan puing -puing untuk menghasilkan solusi yang jelas. RNA transparan diisolasi dari mikropartikel berbasis silika menggunakan medan magnet instrumen20,21. Di sisi lain, isolasi manual dan pemurnian RNA dilakukan dengan metode spin kolom menggunakan sentrifugasi alih -alih dudukan magnetik dan pemisahan mikropartikel dari eluen.
Tes Deteksi SARS-COV-2 Real-Time Abbott (Abbott Molecular, Inc.) dilakukan sesuai dengan instruksi pabrik, yang menerima EUA19,22 dari WHO dan FDA. Dalam protokol ini, inaktivasi sampel sebelum ekstraksi dilakukan dalam penangas air pada suhu 56 ° C selama 30 menit. Setelah inaktivasi virus, ekstraksi asam nukleat dilakukan pada instrumen Abbott M2000 SP dari 0,5 mL VTM menggunakan sistem persiapan sampel DNA Abbott M2000. Menurut produsen. Amplifikasi dan deteksi dilakukan dengan menggunakan instrumen Abbott M2000 RT-PCR, dan deteksi ganda dilakukan untuk gen RDRP dan N. ROX) dan VIC P (pewarna eksklusif) untuk penargetan dan deteksi kontrol internal, memungkinkan deteksi simultan dari kedua produk amplifikasi 19.
Metode deteksi amplifikasi kit ini didasarkan pada teknologi RT-PCR satu langkah. Gen ORF1A/B dan N dipilih sebagai daerah yang dilestarikan oleh teknologi gen Daan untuk mendeteksi amplifikasi wilayah target. Primer spesifik dan probe fluoresen (probe gen N yang diberi label dengan FAM, probe ORF1A/B yang berlabel VIC) telah dirancang untuk mendeteksi SARS-COV-2 RNA dalam sampel. Campuran eluen akhir dan master disiapkan dengan menambahkan 5 μl eluen ke 20 μl campuran master ke volume akhir 25 μl. Amplifikasi dan deteksi dilakukan secara bersamaan pada instrumen PCR real-time ABI 750024.
Gen ORF1A/B dan N terdeteksi menggunakan Sansure Biotech NCOV-2019 Kit Diagnostik Asam Nukleat (deteksi PCR fluorescent). Siapkan probe spesifik untuk setiap gen target dengan memilih saluran FAM untuk wilayah ORF1A/B dan saluran ROX untuk gen N. Untuk kit uji ini, reagen campuran dan master ditambahkan sebagai berikut: Siapkan 30 μL Master Mix Reagen dan 20 μL sampel dielusi untuk deteksi/amplifikasi. PCR real-time ABI 750025 digunakan untuk amplifikasi/deteksi.
Tes SARS-COV-2 BGI adalah kit RRT-PCR real-time fluoresen untuk diagnosis COVID-19. Wilayah target terletak di wilayah ORF1A/B dari genom SARS-COV-2, yang merupakan metode deteksi gen tunggal. Selain itu, gen housekeeping manusia β-aktin adalah gen target yang diatur secara internal. Campuran master dibuat dengan mencampur 20 μl reagen campuran master dan 10 μl sampel RNA yang diekstraksi dalam pelat sumur26. Instrumen PCR real-time kuantitatif ABI 7500 ABI 7500 digunakan untuk amplifikasi dan deteksi. Semua amplifikasi asam nukleat, kondisi menjalankan PCR untuk setiap pengujian, dan interpretasi hasil dilakukan sesuai dengan instruksi produsen masing -masing (Tabel 3).
Dalam analisis komparatif ini, kami tidak menggunakan metode standar referensi untuk menentukan kesepakatan persen (positif, negatif, dan keseluruhan) dan parameter perbandingan lainnya untuk empat analisis. Setiap perbandingan tes dilakukan dengan CRS, dalam penelitian ini CRS ditetapkan oleh aturan "apa pun positif" dan hasilnya ditentukan, bukan oleh satu tes, kami menggunakan setidaknya dua hasil tes yang cocok. Selain itu, dalam kasus transmisi COVID-19, hasil negatif palsu lebih berbahaya daripada hasil positif palsu. Oleh karena itu, untuk mengatakan "positif" seakurat mungkin dari hasil CRS, setidaknya dua tes uji harus positif, yang berarti bahwa setidaknya satu hasil positif kemungkinan berasal dari uji EUA. Dengan demikian, dari empat hasil tes, dua atau lebih hasil tes yang memberikan hasil yang sama dianggap positif atau negatif18,27.
Data dikumpulkan menggunakan formulir ekstraksi data terstruktur, entri dan analisis data dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak statistik Excel dan SPSS versi 23.0 untuk statistik deskriptif. Perjanjian persentase positif, negatif, dan keseluruhan dianalisis, dan skor Kappa digunakan untuk menentukan tingkat kesepakatan masing -masing metode dengan CRS. Nilai Kappa ditafsirkan sebagai berikut: 0,01 hingga 0,20 untuk perjanjian ringan, 0,21 hingga 0,40 untuk perjanjian umum, 0,41-0,60 untuk perjanjian sedang, 0,61-0,80 untuk perjanjian utama dan 0,81-0,99 untuk perjanjian lengkap28.
Izin etika diperoleh dari Universitas Addis Ababa dan semua protokol eksperimental untuk penelitian ini disetujui oleh Dewan Peninjauan Etika Ilmiah Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia. Nomor referensi untuk Lisensi Etika EPHI adalah EPHI/IRB-279-2020. Semua metode diterapkan sesuai dengan rekomendasi dan ketentuan Pedoman Komprehensif Nasional Ethiopia untuk pengobatan COVID-19. Selain itu, informed consent tertulis diperoleh dari semua peserta studi sebelum berpartisipasi dalam penelitian ini.
Semua data yang diperoleh atau dianalisis dalam penelitian ini dimasukkan dalam artikel yang dipublikasikan ini. Data yang mendukung hasil penelitian ini tersedia dari penulis masing -masing atas permintaan yang wajar.
Organisasi Kesehatan Dunia. Rekomendasi untuk Strategi Pengujian Laboratorium untuk COVID-19: Bimbingan Sementara, 21 Maret 2020 No. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 diagnosis pintar di gawat darurat: All-in dalam praktiknya. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 diagnosis pintar di gawat darurat: All-in dalam praktiknya.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. dan Gurgulianis, diagnosis Covid-19 Ki Covid-19 di Departemen Darurat: semuanya dalam praktik.Muliou DS, Pantazopoulos I. dan Gurgulyanis KI Diagnosis Cerdas COVID-19 di Departemen Darurat: Integrasi End-to-End dalam Praktek. Pakar Pendeta Perlaman. obat-obatan. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, Sl & St George, K. Evaluasi uji COVID19 ID sekarang EUA. Mitchell, Sl & St George, K. Evaluasi uji COVID19 ID sekarang EUA.Mitchell, SL dan St. George, K. Evaluasi uji COVID19 ID sekarang EUA.Mitchell SL dan St. George K. Evaluasi uji COVID19 ID sekarang EUA. J. Klinis. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
SIAPA. Deteksi Laboratorium Penyakit Coronavirus 2019 (Covid-19) pada dugaan penyakit manusia. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (diakses 15 Agustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis COVID-19: Alat Penyakit dan Pengujian. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Pembentukan Sekolah Tinggi Patologi Afrika Timur, Tengah dan Selatan - Sekolah Regional Patologi Timur Tengah dan Afrika Selatan. Afrika. J. Lab. obat-obatan. 9 (1), 1-8 (2020).
Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia, Kementerian Kesehatan Federal. Strategi dan bimbingan nasional sementara untuk diagnosis laboratorium COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/efi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (diakses 12 Agustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, sebagai tes negatif palsu untuk tantangan dan implikasi infeksi SARS-COV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, sebagai tes negatif palsu untuk tantangan dan implikasi infeksi SARS-COV-2.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim sebagai tes negatif palsu untuk infeksi SARS-COV-2 dan konsekuensinya.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim sebagai tes negatif palsu untuk provokasi dan dampak infeksi SARS-COV-2. N. Eng. J. Kedokteran. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False-positif dan false-negative-negid-19 kasus: Pencegahan pernapasan dan strategi manajemen, vaksinasi, dan perspektif lebih lanjut. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False-positif dan false-negative-negid-19 kasus: Pencegahan pernapasan dan strategi manajemen, vaksinasi, dan perspektif lebih lanjut. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki лжнопо harжительные ижноотрицательные счаи covid-19: риираторна ingat пилилuga чилилuga Вацинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False Positive dan False Negative Covid-19: Strategi Pencegahan dan Perawatan Pernafasan, Vaksinasi dan Jalan Maju.Muliu, DS dan Gurgulianis, Ki False-Positive dan False-negative-negatif dari COVID-19: Strategi untuk Pencegahan dan Perawatan Pernafasan, Vaksinasi dan Jalan Maju. Pakar Pendeta Perlaman. obat-obatan. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnosis di gawat darurat: melihat pohon tetapi kehilangan hutan. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnosis di gawat darurat: melihat pohon tetapi kehilangan hutan.Mouliou, DS, Ioannis, P. dan Konstantinos, G. Covid-19 Diagnosis di gawat darurat: lihat pohon, kehilangan hutan.Muliou DS, Ioannis P., dan Konstantinos G. Covid-19 Diagnosis di ruang gawat darurat: tidak cukup hutan untuk pohon. Muncul. obat-obatan. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-angeli, E. et al. Validasi dan validasi kinerja analitik dan klinis dari uji Abbott Realtime SARS-COV-2. J. Klinis. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaiei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Reyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari berbagai wilayah genom COVID-19 untuk mendeteksi infeksi virus oleh RT-PCR konvensional. Mollaiei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Reyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari berbagai daerah genom COVID-19 untuk mendeteksi infeksi virus oleh RT-PCR konvensional.Mollaiei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Reyestanaki, D., Fazlalipour, M. dan Aflatunyan, B. Perbandingan lima set primer dari berbagai daerah genom Covid-19 untuk mendeteksi infeksi virus oleh RT-PCR konvensional. Mollaiei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Reyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaiei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Reyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan 5 daerah genetik COVID-19 yang berbeda untuk mendeteksi infeksi virus oleh RT-PCR konvensional.Mollaiei HR, Afshar AA, Kalantar-Reyestanaki D, Fazlalipour M. dan Aflatunyan B. Perbandingan lima set primer dari berbagai daerah genom Covid-19 untuk mendeteksi infeksi virus oleh RT-PCR konvensional.Iran. J. Mikrobiologi. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Hasil awal dari Program Penilaian Kualitas Eksternal Nasional untuk mendeteksi urutan genom SARS-COV-2. J. Klinis. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Evaluasi analitik kemanjuran lima kit RT-PCR untuk sindrom pernapasan akut parah coronavirus 2. J. Clinical. laboratorium. dubur. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluasi tujuh kit deteksi RNA SARS-COV-2 yang tersedia secara komersial di Cina berdasarkan reaksi rantai polimerase real-time (PCR). klinis. Kimia. laboratorium. obat-obatan. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Perbandingan tujuh kit diagnostik RT-PCR COVID-19 komersial. J. Klinis. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Perbandingan kinerja diagnostik dua kit PCR untuk mendeteksi asam nukleat SARS-COV-2. J. Klinis. laboratorium. dubur. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, dll. Sebuah studi perbandingan dari empat platform pengujian amplifikasi asam nukleat SARS-COV-2 (NAAT) menunjukkan bahwa kinerja ID sekarang terdegradasi secara signifikan tergantung pada jenis pasien dan sampel. diagnosa. mikrobiologi. Menulari. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Molekul Abbott. Abbott Real-Time SARS-COV-2 Paket Analisis Sisipan. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Per 10 Agustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. Isolasi RNA SARS-COV-2 menggunakan manik-manik magnetik untuk deteksi skala besar yang cepat oleh RT-qPCR dan RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).