Kinerja empat uji amplifikasi asam nukleat untuk mengidentifikasi SARS-CoV-2 di Ethiopia

Terima kasih telah mengunjungi Alam.com.Anda menggunakan versi browser dengan dukungan CSS terbatas.Untuk pengalaman terbaik, kami menyarankan Anda menggunakan browser yang diperbarui (atau nonaktifkan Mode Kompatibilitas di Internet Explorer).Selain itu, untuk memastikan dukungan berkelanjutan, kami menampilkan situs tanpa gaya dan JavaScript.
Menampilkan carousel tiga slide sekaligus.Gunakan tombol Sebelumnya dan Berikutnya untuk menelusuri tiga slide sekaligus, atau gunakan tombol penggeser di bagian akhir untuk menelusuri tiga slide sekaligus.
Sejak wabah penyakit coronavirus (COVID-19) 2019, banyak tes amplifikasi asam nukleat komersial (NAAT) telah dikembangkan di seluruh dunia dan telah menjadi pengujian standar.Meskipun beberapa tes dengan cepat dikembangkan dan diterapkan pada tes diagnostik laboratorium, kinerja tes ini belum dievaluasi di berbagai tempat.Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja pengujian Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, dan Sansure Biotech menggunakan Composite Reference Standard (CRS).Penelitian dilakukan di Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia (EPHI) dari 1 hingga 30 Desember 2020. 164 sampel nasofaring diekstraksi menggunakan kit mini QIAamp RNA dan sistem persiapan sampel DNA Abbott.Dari 164 spesimen, 59,1% positif dan 40,9% negatif CRS. Kepositifan Sansure Biotech secara signifikan rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Kepositifan Sansure Biotech secara signifikan rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Produk-produk Sansure Biotech tidak dapat ditemukan di CRS (p < 0,05). Hasil positif Sansure Biotech secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech memiliki hasil positif yang jauh lebih sedikit dibandingkan dengan CRS (p <0,05).Kesepakatan keseluruhan dari keempat analisis adalah 96,3–100% dibandingkan dengan CRS.Selain tingkat kepositifan yang rendah dari uji Sansure Biotech, kinerja keempat uji tersebut hampir sebanding.Dengan demikian, pengujian Sansure Biotech [Research Only (RUO)] memerlukan validasi tambahan untuk penggunaannya di Ethiopia.Akhirnya, penelitian tambahan harus dipertimbangkan untuk mengevaluasi pengujian dengan klaim pabrikan yang sesuai.
Pengujian laboratorium adalah bagian dari Rencana Strategis Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) untuk Kesiapsiagaan dan Respons Penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19) (SPRP).WHO menyarankan agar negara-negara perlu membangun kapasitas laboratorium untuk meningkatkan kesiapsiagaan, manajemen kasus yang tepat, kewaspadaan, dan respons cepat terhadap tantangan kesehatan masyarakat.Hal ini menunjukkan bahwa peran laboratorium adalah kunci untuk mengkarakterisasi penyakit dan epidemiologi agen infeksi yang baru muncul dan mengendalikan penyebarannya.
Diagnosis COVID-19 memerlukan informasi epidemiologis dan medis, gejala/tanda pribadi, serta data radiografi dan laboratorium2.Sejak wabah COVID-19 dilaporkan di Wuhan, Cina, banyak tes amplifikasi asam nukleat komersial (NAAT) telah dikembangkan di seluruh dunia.Reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) real-time telah digunakan sebagai metode rutin dan standar untuk diagnosis laboratorium infeksi sindrom pernapasan akut 2 (SARS-CoV-2)3.Deteksi molekuler SARS-CoV-2 biasanya didasarkan pada gen N (gen protein nukleokapsid), E (gen protein amplop), dan RdRp (gen RNA polimerase dependen-RNA) di ORF1a/b (pembacaan terbuka bingkai 1a/b) .gen) diidentifikasi dari genom virus.Mereka dianggap sebagai wilayah konservasi utama yang ditemukan dalam genom virus untuk pengenalan virus4.Di antara gen-gen tersebut, gen RdRp dan E memiliki sensitivitas deteksi analitik yang tinggi, sedangkan gen N memiliki sensitivitas analitik yang rendah5.
Kinerja tes PCR dapat bervariasi tergantung pada berbagai faktor seperti: reagen ekstraksi, reagen amplifikasi/deteksi, metode ekstraksi, kualitas mesin PCR dan instrumen lainnya.Hingga April 2020, lebih dari 48 perangkat diagnostik berbeda dari sembilan negara telah menerima Otorisasi Penggunaan Darurat (EUA) untuk diagnosis COVID-196.Di Etiopia, lebih dari 14 platform PCR real-time digunakan untuk deteksi PCR SARS-CoV-2 di 26 lembaga kesehatan masyarakat, termasuk ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000, dan Quant-studio7.Selain itu, tersedia berbagai alat tes PCR, seperti tes Daan Gene, tes Abbott SARS-CoV-2, tes Sansure Biotech, dan tes BGI SARS-CoV-2.Meskipun rRT-PCR sangat sensitif, beberapa pasien dengan COVID-19 melaporkan hasil negatif palsu karena salinan asam ribonukleat (RNA) virus yang tidak mencukupi dalam sampel karena pengumpulan, transportasi, penyimpanan dan penanganan yang tidak tepat, dan pengujian laboratorium.kondisi dan tindakan personel8.Selain itu, kesalahan penanganan sampel atau kontrol, pengaturan ambang siklus (Ct), dan reaktivitas silang dengan asam nukleat patogen lain atau RNA SARS-CoV-2 yang tidak aktif/residu dapat menyebabkan hasil positif palsu pada pengujian rRT-PCR9.Dengan demikian, jelas bahwa tes PCR memang dapat mengidentifikasi pembawa fragmen gen, karena mereka bahkan tidak dapat membedakan antara gen virus yang benar-benar aktif, sehingga tes tersebut hanya dapat mengidentifikasi pembawa dan bukan pasien10.Oleh karena itu, penting untuk menilai kinerja diagnostik menggunakan metode standar di tempat kami.Meskipun banyak reagen NAAT tersedia di Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia (EPHI) dan di seluruh negeri, belum ada evaluasi komparatif tentang keefektifannya yang dilaporkan.Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja komparatif kit yang tersedia secara komersial untuk mendeteksi SARS-CoV-2 oleh rRT-PCR menggunakan spesimen klinis.
Sebanyak 164 peserta dengan dugaan COVID-19 dilibatkan dalam penelitian ini.Mayoritas sampel berasal dari pusat pengobatan (118/164 = 72%), sedangkan sisanya 46 (28%) peserta berasal dari pusat non pengobatan.Di antara peserta yang tidak dirawat di pusat tersebut, 15 (9,1%) memiliki kasus dugaan klinis dan 31 (18,9%) memiliki kontak dengan kasus yang dikonfirmasi.Sembilan puluh tiga (56,7%) peserta adalah laki-laki, dan rata-rata (± SD) usia peserta adalah 31,10 (± 11,82) tahun.
Dalam studi ini, ditentukan tingkat positif dan negatif dari empat tes untuk COVID-19.Dengan demikian, tingkat positif uji Abbott SARS-CoV-2, uji Daan Gene 2019-nCoV, uji SARS-CoV-2 BGI, dan uji Sansure Biotech 2019-nCoV masing-masing adalah 59,1%, 58,5%, 57,9%, dan 55,5%. .Skor standar referensi komposit (CRS) positif dan negatif masing-masing adalah 97 (59,1%) dan 67 (40,9%) (Tabel 1).Dalam penelitian ini, definisi CRS didasarkan pada aturan “any positive”, dimana dari empat hasil tes, dua atau lebih hasil tes yang memberikan hasil yang sama dianggap benar positif atau negatif.
Dalam penelitian ini, kami menemukan kesepakatan persentase negatif (NPA) sebesar 100% (95% CI 94,6–100) untuk semua analisis dibandingkan dengan CRS.Analisis Sansure Biotechnology menunjukkan PPA minimal 93,8% (95% CI 87,2-97,1) dan analisis Daan Gene 2019-nCoV memiliki persetujuan keseluruhan 99,4% (95% CI 96,6-99,9).Sebaliknya, kesepakatan keseluruhan antara uji SARS-CoV-2 BGI dan uji Sansure Biotech 2019-nCoV masing-masing adalah 98,8% dan 96,3% (Tabel 2).
Koefisien persetujuan kappa Cohen antara hasil pengujian CRS dan Abbott SARS-CoV-2 sepenuhnya konsisten (K = 1,00).Demikian pula, nilai kappa Cohen yang terdeteksi oleh Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, dan Sansure Biotech 2019-nCoV juga sepenuhnya konsisten dengan CRS (K ≥ 0,925).Dalam analisis komparatif ini, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech 2019-nCoV berbeda secara signifikan dengan hasil CRS (p = 0,031) (Tabel 2).
Seperti yang ditunjukkan pada Gambar.1 persentase nilai Ct terendah (<20 Ct) dari uji Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) adalah 87,6% dan nilai Ct gen ORF1a/b dari uji Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan bahwa persentase rendah Nilai Ct (<20 Ct) adalah 50,3% dan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) adalah 3,2%. 1 persentase nilai Ct terendah (<20 Ct) dari uji Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) adalah 87,6% dan nilai Ct gen ORF1a/b dari uji Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan bahwa persentase rendah Nilai Ct (<20 Ct) adalah 50,3% dan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) adalah 3,2%.Seperti yang ditunjukkan pada Gambar.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, dan высокое значение Ct (36–40 Ct) 3,2%. 1, persentase nilai Ct terendah (<20 Ct) analisis Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) adalah 87,6%, dan nilai Ct analisis gen ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan bahwa persentase nilai Ct rendah (<20 Ct) menyumbang 50,3%, dan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) menyumbang 3,2%.如 图 1 所 示 ， Abbott Sars-cov-2 检测 （结合 rdrp 和 n 基因） 的 最 低 ct 值 百分比 （<20 ct） 为 87,6%， Sansure biotech 2019-ncov 检测 orf1a/b 基因 ct 值 低值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1, persentase nilai Ct terendah (<20 Ct) dari uji Abbott SARS-CoV-2 (kombinasi gen RdRp dan N) adalah 87,6%, nilai Ct gen ORF1a/b dari uji Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan persentase Ct值(<20 Ct) 的 yang rendah adalah 50,3%, persentase 高Ct 值(36–40 Ct) 的 adalah 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1, uji Abbott SARS-CoV-2 (menggabungkan gen RdRp dan N) memiliki persentase nilai Ct terendah (<20 Ct) sebesar 87,6%, sedangkan nilai Ct gen ORF1a/b pada Sansure Studi Biotech 2019 – Analisis nCoV menunjukkan Ct rendah. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) 3,2%. Persentase nilai (<20 Ct) adalah 50,3%, dan persentase nilai Ct tinggi (36–40 Ct) adalah 3,2%.Tes Abbott SARS-CoV-2 B mencatat nilai Ct di atas 30. Sedangkan pada pemeriksaan BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b memiliki nilai Ct yang tinggi (>36 Ct) persentasenya sebesar 4% (Gbr. 1). Sedangkan pada pemeriksaan BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b memiliki nilai Ct yang tinggi (>36 Ct) persentasenya sebesar 4% (Gbr. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял.41). Sebaliknya pada analisis gen BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b memiliki nilai Ct yang tinggi (>36 Ct) dengan persentase sebesar 4% (Gbr. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图1）。 Di sisi lain, pada deteksi BGI SARS-CoV-2, persentase gen ORF1a/b dengan nilai Ct tinggi (>36 Ct) adalah 4% (Gambar 1). Untuk Стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис. 1). Di sisi lain, pada analisis BGI SARS-CoV-2, persentase gen ORF1a/b dengan nilai Ct tinggi (>36 Ct) adalah 4% (Gbr. 1).
Dalam penelitian ini, kami mengambil 164 sampel nasofaring.Untuk semua jenis pengujian, isolasi dan amplifikasi RNA dilakukan dengan menggunakan metode dan kit yang direkomendasikan oleh produsen masing-masing.
Studi ini menunjukkan bahwa tes Abbott untuk SARS-CoV-2 memiliki kinerja pendeteksian yang sama dengan CRS, dengan 100% positif, negatif, dan konkordansi keseluruhan.Kesepakatan kappa Cohen adalah 1,00, menunjukkan kesepakatan penuh dengan CRS.Sebuah studi serupa oleh University of Washington di AS menemukan bahwa sensitivitas dan spesifisitas keseluruhan tes Abbott untuk SARS-CoV-2 masing-masing adalah 93% dan 100%, dibandingkan dengan uji yang ditentukan laboratorium (LDA) dari CDC. .11. Sistem deteksi SARS-CoV-2 Abbott didasarkan pada deteksi gabungan gen N dan RdRp secara simultan, karena kedua gen lebih sensitif, meminimalkan negatif palsu12.Sebuah studi di Wina, Austria juga menunjukkan bahwa volume sampel ekstraksi yang besar dan volume eluen deteksi meminimalkan efek pengenceran dan meningkatkan efisiensi deteksi13.Dengan demikian, kecocokan sempurna Abbott untuk pengujian SARS-CoV-2 dapat dikaitkan dengan sistem deteksi platform yang secara bersamaan mendeteksi gen kombinatorial, mengekstrak sampel dalam jumlah besar (0,5 ml), dan menggunakan eluen dalam jumlah besar (40 µl).
Hasil kami juga menunjukkan bahwa kinerja deteksi tes genetik Daan hampir sama dengan CRS.Hal ini konsisten dengan penelitian14 yang dilakukan di Universitas Anhui di Huainan, China, dan klaim produsen atas persetujuan positif 100%.Terlepas dari laporan hasil yang konsisten, satu sampel negatif palsu setelah menguji ulang eluat yang sama, tetapi positif dalam pengujian Abbott SARS-CoV-2 dan Sansure Biotech nCoV-2019.Hal ini menunjukkan bahwa mungkin ada variabilitas dalam hasil di berbagai jenis pengujian. Namun demikian, dalam penelitian yang dilakukan di China15, hasil uji Daan Gene berbeda secara signifikan (p <0,05) dibandingkan dengan uji referensi yang ditentukan laboratorium. Namun demikian, dalam penelitian yang dilakukan di China15, hasil uji Daan Gene berbeda secara signifikan (p <0,05) dibandingkan dengan uji referensi yang ditentukan laboratorium. И иследовании, проведенно orang к p з - аatus аatus аatus аз: аatus а: а 1 а: о: о: о: о: о: о: о: о: оаб: а 0 б: о 0 о: о 0 о: аа): Namun, dalam sebuah penelitian di China15, hasil analisis Daan Gene berbeda secara signifikan (p <0,05) dari analisis referensi laboratorium mereka.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 0.0﵋相比有显着差异然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.0.0.0 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Namun, dalam sebuah penelitian di China15, hasil tes genetik Daan berbeda secara signifikan (p <0,05) dibandingkan dengan tes laboratorium rujukannya.Perbedaan ini mungkin disebabkan oleh sensitivitas tes referensi untuk mendeteksi SARS-CoV-2, dan studi lebih lanjut mungkin penting untuk menentukan penyebabnya.
Selain itu, penelitian kami mengevaluasi kinerja komparatif uji BGI SARS-CoV-2 dengan CRS, menunjukkan persetujuan persentase positif yang sangat baik (PPA = 97,9%), persetujuan persentase negatif (NPA = 100%), dan persetujuan persentase keseluruhan berdasarkan jenis kelamin ( OPA).).= 98,8%).Nilai Kappa Cohen menunjukkan kesepakatan yang baik (K = 0,975).Studi di Belanda16 dan China15 telah menunjukkan hasil yang konsisten.Tes SARS-CoV-2 BGI adalah tes deteksi gen tunggal (ORF1a/b) menggunakan eluat amplifikasi/deteksi 10 µl.Meskipun ada kesepakatan statistik yang baik dengan hasil referensi kami, analisis tersebut melewatkan dua sampel positif (1,22%) dari total sampel.Ini dapat memiliki implikasi klinis yang sangat besar untuk dinamika transmisi pada tingkat pasien dan komunitas.
Analisis komparatif lain yang disertakan dalam penelitian ini adalah uji Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO);persentase pertandingan keseluruhan adalah 96,3%.Kekuatan kesepakatan juga ditentukan oleh nilai Kappa Cohen, yaitu 0,925, menunjukkan kesepakatan penuh dengan CRS.Sekali lagi, hasil kami identik dengan penelitian yang dilakukan di Central South University di Changsha, China, dan di Departemen Laboratorium Klinis Rumah Sakit Rakyat Liuzhou, Kota Liuzhou, China17. Meskipun konkordansi statistik yang baik di atas dicatat, uji chi-square (uji MacNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p <0,005). Meskipun konkordansi statistik yang baik di atas dicatat, uji chi-square (uji MacNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p <0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Meskipun kesepakatan statistik yang baik di atas dicatat, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan bahwa hasil uji Sansure Biotech memiliki perbedaan yang signifikan secara statistik dibandingkan dengan CRS (p <0,005).尽管 记录 了 上述 良好 的 统计 一致性 ， 但 卡方 检验 （macnemar 检验） ， ， Sansure biotech 检测 的 结果 与 crs 相比 具有 统计学 显着 （p <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致 性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， Sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Terlepas dari kesepakatan statistik yang baik yang disebutkan di atas, uji chi-square (uji McNemar) menunjukkan perbedaan yang signifikan secara statistik (p <0,005) antara uji Sansure Biotech dan CRS.Enam sampel (3,66%) ditemukan negatif palsu dibandingkan dengan CRS (Tabel Tambahan 1);ini sangat penting, apalagi mengingat dinamika penularan virus.Data di atas juga mendukung tingkat deteksi yang rendah ini15.
Dalam penelitian ini, nilai Ct ditentukan untuk setiap pengujian dan masing-masing platform, dengan nilai Ct rata-rata terendah yang dilaporkan dalam pengujian Abbott SARS-CoV-2.Hasil ini mungkin terkait dengan sistem pengujian genetik gabungan simultan Abbott untuk mendeteksi SARS-CoV-2.Oleh karena itu, menurut Gambar 1, 87,6% hasil Abbott SARS-CoV-2 memiliki nilai Ct di bawah 20. Hanya sebagian kecil hasil sampel (12,4%) yang berada di kisaran 20-30.Nilai Ct di atas 30 tidak dicatat.Selain penggunaan format pengujian panel genetik SARS-CoV-2 oleh Abbott, hasil ini mungkin terkait dengan batas deteksi yang lebih rendah (32,5 salinan RNA/mL)18, yang tiga kali lebih rendah dari batas bawah perusahaan yaitu 100 salinan RNA /mL.ml)19.
Penelitian ini memiliki beberapa keterbatasan: pertama, kami tidak memiliki metode standar/referensi [seperti viral load atau tes laboratorium lainnya (LDA)] karena kurangnya sumber daya.Kedua, semua spesimen yang digunakan dalam penelitian ini adalah swab nasofaring, sedangkan hasilnya tidak berlaku untuk jenis spesimen lain, dan ketiga, ukuran sampel kami kecil.
Studi ini membandingkan kinerja empat tes rRT-PCR untuk SARS-CoV-2 menggunakan sampel nasofaring.Semua uji deteksi memiliki kinerja yang hampir sebanding, kecuali uji Sansure Biotech. Selain itu, tingkat kepositifan yang rendah diidentifikasi dalam uji Sansure Biotech dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Selain itu, tingkat kepositifan yang rendah diidentifikasi dalam uji Sansure Biotech dibandingkan dengan CRS (p <0,05). Karena itu, dalam hal ini Sansure Biotech adalah salah satu yang paling terkenal dari CRS (p < 0,05). Selain itu, uji Sansure Biotech menunjukkan persentase hasil positif yang rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05)。 Sebagai contoh, Sansure Biotech atau Sansure Biotech adalah salah satu yang paling populer di CRS (p < 0,05). Selain itu, uji Sansure Biotech memiliki tingkat kepositifan yang lebih rendah dibandingkan dengan CRS (p <0,05).Analisis Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) terhadap PPA, NPA, dan kesepakatan keseluruhan melebihi 93,5% dengan nilai kesepakatan kekuatan Cohen Kappa sebesar 0,925.Terakhir, Sansure Biotech Assay (RUO) memerlukan validasi lebih lanjut untuk digunakan di Etiopia, dan penelitian tambahan harus dipertimbangkan untuk mengevaluasi klaim dari masing-masing produsen.
Desain studi banding dilakukan di empat fasilitas kesehatan di Addis Ababa, Rumah Sakit Eka Kotebe, Pusat Perawatan Gereja Milenium, Rumah Sakit Memorial Zewooditu, dan Rumah Sakit Spesialis Tuberkulosis St. Peter.Data dikumpulkan antara 1 dan 31 Desember 2020. Fasilitas medis untuk penelitian ini sengaja dipilih berdasarkan jumlah kasus yang tinggi dan ketersediaan pusat perawatan utama di kota.Demikian pula, instrumen, termasuk instrumen PCR real-time ABI 7500 dan Abbott m2000, dipilih berdasarkan rekomendasi produsen reagen NAAT, dan empat kit deteksi PCR dipilih untuk penelitian ini, karena sebagian besar laboratorium di Ethiopia menggunakan setidaknya setidaknya empat dari mereka.Tes gen, tes Abbott SARS-CoV-2, tes Sansure Biotech, dan tes BGI SARS-CoV-2 dilakukan selama penelitian).
Pengujian SARS-CoV-2 dilakukan dari 1 hingga 30 Desember 2020 menggunakan 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) dari individu yang sedang diselidiki untuk COVID-19 yang dirujuk ke EPHI.Sampel nasofaring dikumpulkan oleh pengumpul sampel terlatih dan dikirim ke EPHI dalam tiga paket.Sebelum isolasi asam nukleat, setiap sampel diberi nomor identifikasi unik.Ekstraksi dilakukan dari setiap sampel segera setelah tiba dengan menggunakan metode ekstraksi manual dan otomatis.Jadi, untuk ekstraksi otomatis Abbott m2000, 1,3 ml (termasuk volume mati 0,8 ml dan volume saluran masuk ekstraksi 0,5 ml) sampel diekstraksi dari setiap sampel dan dilewatkan melalui Sistem Persiapan Sampel DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, AS).) Sejumlah 96 [92 sampel, dua kontrol deteksi, dan dua kontrol non-templat (NTC)] disertakan dalam keseluruhan proses (pengambilan dan deteksi) dua putaran SARS-CoV-2 (EUA) secara waktu nyata.pertambangan.Demikian pula, untuk ekstraksi manual, gunakan sampel yang sama (untuk ekstraksi dan penemuan otomatis).Jadi, selama proses berlangsung, 140 µl sampel dialirkan dan diekstraksi menggunakan QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Jerman) dalam batch 24 (termasuk 20 sampel, dua kontrol pengujian, dan dua NTC) selama sembilan putaran.Eluat yang diekstraksi secara manual diamplifikasi dan dideteksi menggunakan ABI 7500 thermal cycler menggunakan uji SARS-CoV-2 BGI, uji Daan Gene, dan uji Sansure Biotech.
Isolasi dan pemurnian otomatis RNA virus SARS-CoV-2 mengikuti prinsip manik magnetik menggunakan reagen persiapan sampel DNA Abbott.Inaktivasi sampel dan pelarutan partikel virus dilakukan dengan menggunakan deterjen yang mengandung guanidine isothiocyanate untuk mendenaturasi protein dan menonaktifkan RNase.RNA kemudian dipisahkan dari protein dengan pemisahan fasa padat menggunakan silika, yaitu garam guanidinium dan pH basa dari buffer lisis mendorong pengikatan asam nukleat ke silika (SiO2).Langkah pembilasan menghilangkan sisa protein dan kotoran untuk menghasilkan larutan bening.RNA transparan diisolasi dari mikropartikel berbasis silika menggunakan medan magnet instrumen20,21.Di sisi lain, isolasi manual dan pemurnian RNA dilakukan dengan metode kolom spin menggunakan sentrifugasi sebagai pengganti magnetic stand dan pemisahan mikropartikel dari eluen.
Tes Deteksi SARS-CoV-2 Waktu-Nyata Abbott (Abbott Molecular, Inc.) dilakukan sesuai dengan instruksi pabrik, yang menerima EUA19,22 dari WHO dan FDA.Dalam protokol ini, inaktivasi sampel sebelum ekstraksi dilakukan dalam penangas air pada suhu 56 °C selama 30 menit.Setelah inaktivasi virus, ekstraksi asam nukleat dilakukan pada instrumen Abbott m2000 SP dari 0,5 ml VTM menggunakan sistem persiapan sampel DNA Abbott m2000.menurut pabrikan.Amplifikasi dan deteksi dilakukan menggunakan instrumen Abbott m2000 RT-PCR, dan deteksi ganda dilakukan untuk gen RdRp dan N.ROX) dan VIC P (pewarna berpemilik) untuk penargetan dan deteksi kontrol internal, yang memungkinkan deteksi simultan kedua produk amplifikasi 19 .
Metode deteksi amplifikasi kit ini didasarkan pada teknologi RT-PCR satu langkah.Gen ORF1a/b dan N dipilih sebagai daerah yang dilestarikan oleh Daan Gene Technology untuk mendeteksi amplifikasi daerah target.Probe primer dan fluoresen khusus (probe gen N berlabel FAM, probe ORF1a/b berlabel VIC) telah dirancang untuk mendeteksi RNA SARS-CoV-2 dalam sampel.Eluen akhir dan campuran induk disiapkan dengan menambahkan 5 µl eluen ke dalam 20 µl campuran induk hingga volume akhir 25 µl.Amplifikasi dan deteksi dilakukan secara bersamaan pada instrumen PCR real-time ABI 750024.
Gen ORF1a/b dan N dideteksi menggunakan Kit Diagnostik Asam Nukleat nCoV-2019 Sansure Biotech (deteksi PCR neon).Persiapkan probe spesifik untuk setiap gen target dengan memilih saluran FAM untuk wilayah ORF1a/b dan saluran ROX untuk gen N.Ke dalam alat uji ini, eluen dan reagen campuran utama ditambahkan sebagai berikut: siapkan 30 µl reagen campuran utama dan 20 µl sampel yang dielusi untuk deteksi/amplifikasi.PCR ABI 750025 waktu nyata digunakan untuk amplifikasi/deteksi.
Tes SARS-CoV-2 BGI adalah kit rRT-PCR neon waktu-nyata untuk diagnosis COVID-19.Wilayah target terletak di wilayah ORF1a/b genom SARS-CoV-2, yang merupakan metode deteksi gen tunggal.Selain itu, gen rumah tangga manusia β-aktin adalah gen target yang diatur secara internal.Campuran induk disiapkan dengan mencampurkan 20 µl reagen campuran induk dan 10 µl sampel RNA yang diekstraksi dalam pelat sumur26.Instrumen PCR real-time kuantitatif ABI 7500 fluoresen digunakan untuk amplifikasi dan deteksi.Semua amplifikasi asam nukleat, PCR menjalankan kondisi untuk setiap pengujian, dan interpretasi hasil dilakukan sesuai dengan instruksi masing-masing produsen (Tabel 3).
Dalam analisis komparatif ini, kami tidak menggunakan metode standar referensi untuk menentukan persen persetujuan (positif, negatif, dan keseluruhan) dan parameter perbandingan lainnya untuk keempat analisis tersebut.Setiap perbandingan tes dilakukan dengan CRS, dalam penelitian ini CRS ditetapkan dengan aturan “apapun positif” dan hasilnya ditentukan, bukan dengan satu tes, kami menggunakan setidaknya dua hasil tes yang cocok.Selain itu, dalam kasus penularan COVID-19, hasil negatif palsu lebih berbahaya daripada hasil positif palsu.Oleh karena itu, untuk mengatakan "positif" seakurat mungkin dari hasil CRS, setidaknya dua tes uji harus positif, artinya setidaknya satu hasil positif kemungkinan berasal dari uji EUA.Dengan demikian, dari empat hasil pengujian, dua atau lebih hasil pengujian yang memberikan hasil yang sama dianggap benar positif atau negatif18,27.
Data dikumpulkan menggunakan formulir ekstraksi data terstruktur, entri data dan analisis dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak statistik Excel dan SPSS versi 23.0 untuk statistik deskriptif.Kesepakatan persen positif, negatif, dan keseluruhan dianalisis, dan skor Kappa digunakan untuk menentukan tingkat kesepakatan setiap metode dengan CRS.Nilai Kappa ditafsirkan sebagai berikut: 0,01 sampai 0,20 untuk persetujuan ringan, 0,21 sampai 0,40 untuk persetujuan umum, 0,41-0,60 untuk persetujuan sedang, 0,61-0,80 untuk persetujuan besar dan 0,81-0,99 untuk persetujuan lengkap28.
Izin etis diperoleh dari Universitas Addis Ababa dan semua protokol eksperimental untuk penelitian ini telah disetujui oleh Dewan Peninjau Etika Ilmiah Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia.Nomor referensi untuk Lisensi Etika EPHI adalah EPHI/IRB-279-2020.Semua metode diterapkan sesuai dengan rekomendasi dan ketentuan Pedoman Komprehensif Nasional Ethiopia untuk Pengobatan COVID-19.Selain itu, informed consent tertulis diperoleh dari semua peserta penelitian sebelum berpartisipasi dalam penelitian ini.
Semua data yang diperoleh atau dianalisis dalam penelitian ini dimasukkan dalam artikel yang diterbitkan ini.Data yang mendukung hasil penelitian ini tersedia dari masing-masing penulis atas permintaan yang masuk akal.
Organisasi Kesehatan Dunia.Rekomendasi Strategi Pengujian Laboratorium untuk COVID-19: Panduan Sementara, 21 Maret 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis cerdas COVID-19 di Departemen Darurat: Praktik Lengkap. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis cerdas COVID-19 di Departemen Darurat: Praktik Lengkap.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. dan Gurgulianis, KI Diagnosis cerdas COVID-19 di unit gawat darurat: semuanya dalam praktik.Muliou DS, Pantazopoulos I. dan Gurgulyanis KI Diagnosis cerdas COVID-19 di unit gawat darurat: integrasi ujung ke ujung dalam praktik.Ahli Pendeta Bernafas.obat.3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi uji COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi uji COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL dan St. George, K. Evaluasi uji COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL dan St. George K. Evaluasi uji COVID19 ID NOW EUA.J. Klinis.Virus.128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO.Deteksi laboratorium penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) pada dugaan penyakit manusia.https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (diakses 15 Agustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. dkk.Diagnosis COVID-19: Penyakit dan Alat Pengujian.ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. dkk.Pendirian Kolese Patolog Afrika Timur, Tengah dan Selatan – Sekolah Patologi Regional Timur Tengah dan Afrika Selatan.Afrika.J.Lab.obat.9(1), 1-8 (2020).
Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia, Kementerian Kesehatan Federal.Strategi Nasional Sementara dan Pedoman Diagnosis Laboratorium COVID-19.https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (diakses 12 Agustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tes negatif palsu untuk tantangan dan implikasi infeksi SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tes negatif palsu untuk tantangan dan implikasi infeksi SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim AS Tes negatif palsu untuk infeksi SARS-CoV-2 dan konsekuensinya.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim AS Tes negatif palsu untuk provokasi dan dampak infeksi SARS-CoV-2.N.eng.J. Kedokteran.383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 positif palsu dan negatif palsu: Strategi pencegahan dan manajemen pernapasan, vaksinasi, dan perspektif lebih lanjut. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 positif palsu dan negatif palsu: Strategi pencegahan dan manajemen pernapasan, vaksinasi, dan perspektif lebih lanjut. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus positif palsu dan negatif palsu COVID-19: strategi pencegahan dan pengobatan pernapasan, vaksinasi, dan masa depan.Muliu, DS dan Gurgulianis, KI Kasus positif palsu dan negatif palsu COVID-19: strategi untuk pencegahan dan pengobatan pernapasan, vaksinasi, dan masa depan.Ahli Pendeta Bernafas.obat.15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di unit gawat darurat: Melihat pohon tetapi kehilangan hutan. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di unit gawat darurat: Melihat pohon tetapi kehilangan hutan.Mouliou, DS, Ioannis, P. dan Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di Unit Gawat Darurat: Lihat Pohon, Kehilangan Hutan.Muliou DS, Ioannis P., dan Konstantinos G. Diagnosis COVID-19 di Ruang Gawat Darurat: Tidak Cukup Hutan untuk Pepohonan.Muncul.obat.J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al.Validasi dan Validasi Kinerja Analitik dan Klinis Pengujian SARS-CoV-2 Abbott RealTime.J. Klinis.Virus.129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatonian, B. Membandingkan lima set primer dari wilayah genom COVID-19 yang berbeda untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari berbagai wilayah genom COVID-19 untuk deteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. dan Aflatunyan, B. Perbandingan lima set primer dari berbagai wilayah genom COVID-19 untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatonian, B. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatonian, B. Perbandingan 5 wilayah genetik COVID-19 yang berbeda untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. and Aflatunyan B. Perbandingan lima set primer dari berbagai daerah genom COVID-19 untuk mendeteksi infeksi virus dengan RT-PCR konvensional.Iran.J. Mikrobiologi.12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al.Hasil awal program penilaian kualitas eksternal nasional untuk deteksi urutan genom SARS-CoV-2.J. Klinis.Virus.129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al.Evaluasi Analitik Kemanjuran Lima Kit RT-PCR untuk Sindrom Pernafasan Akut Parah Coronavirus 2. J. Clinical.laboratorium.dubur.35(1), e23643 (2021).
Wang B. dkk.Evaluasi tujuh kit deteksi RNA SARS-CoV-2 yang tersedia secara komersial di Cina berdasarkan reaksi berantai polimerase (PCR) waktu nyata.klinis.Bahan kimia.laboratorium.obat.58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB dkk.Perbandingan tujuh kit diagnostik RT-PCR COVID-19 komersial.J. Klinis.Virus.128, 104412 (2020).
Lu, Yu, dkk.Perbandingan kinerja diagnostik dua kit PCR untuk deteksi asam nukleat SARS-CoV-2.J. Klinis.laboratorium.dubur.34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, dll. Sebuah studi komparatif terhadap empat platform pengujian amplifikasi asam nukleat (NAAT) SARS-CoV-2 menunjukkan bahwa kinerja ID NOW menurun secara signifikan tergantung pada pasien dan jenis sampel.diagnosa.mikrobiologi.Menulari.béda.99(1), 115200 (2021).
Molekul Abbott.Sisipan paket analisis SARS-CoV-2 waktu-nyata Abbott.https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay.1-12.(Per 10 Agustus 2020) (2020).
Klein, S. et al.Isolasi RNA SARS-CoV-2 menggunakan manik-manik magnetik untuk deteksi cepat berskala besar dengan RT-qPCR dan RT-LAMP.Virus 12(8), 863 (2020).